GabiPD: the GABI primary database--a plant integrative 'omics' database.
GabiPD: the GABI primary database--a plant integrative 'omics' database.
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DOI：
10.1093/nar/gkn611
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kersten B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Riaño-Pachón DM;Nagel A;Neigenfind J;Wagner R;Basekow R;Weber E;Mueller-Roeber B;Diehl S;Kersten B
GABI主要数据库GabiPD（http：//www.gabipd.org/）是在德国植物生物系统基因组分析倡议（GABI）的框架内建立的。GabiPD的目标是收集，整合，分析和可视化来自GABI项目的主要信息。GabiPD构成了一个存储库和分析平台，用于从几种植物物种的高通量实验中获得的各种异构数据。来自不同的“组学”前沿的数据被纳入（即基因组学，转录组学，蛋白质组学和代谢组学），来自14个不同的模型或作物物种。我们已经开发了GreenCards的概念，用于GabiPD中所有数据类型（例如克隆，基因，突变株系）的基于文本的检索。所有数据类型都指向中央Gene GreenCard，其中基因信息从基因组项目或NCBI UniGene集集成。集中的Gene GreenCard允许可视化与注释的转录本对齐的EST，以及显示已识别的蛋白质结构域和基因结构。此外，GabiPD还提供了马铃薯和大麦的交互式遗传图谱，以及拟南芥和油菜的蛋白质2DE凝胶。基因表达和代谢谱数据可以通过MapManWeb可视化。通过在现有知识框架中整合复杂数据，GabiPD提供了新的见解，并允许对数据进行新的解释。
The GABI Primary Database, GabiPD (http://www.gabipd.org/), was established in the frame of the German initiative for Genome Analysis of the Plant Biological System (GABI). The goal of GabiPD is to collect, integrate, analyze and visualize primary information from GABI projects. GabiPD constitutes a repository and analysis platform for a wide array of heterogeneous data from high-throughput experiments in several plant species. Data from different ‘omics’ fronts are incorporated (i.e. genomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics), originating from 14 different model or crop species. We have developed the concept of GreenCards for text-based retrieval of all data types in GabiPD (e.g. clones, genes, mutant lines). All data types point to a central Gene GreenCard, where gene information is integrated from genome projects or NCBI UniGene sets. The centralized Gene GreenCard allows visualizing ESTs aligned to annotated transcripts as well as displaying identified protein domains and gene structure. Moreover, GabiPD makes available interactive genetic maps from potato and barley, and protein 2DE gels from Arabidopsis thaliana and Brassica napus. Gene expression and metabolic-profiling data can be visualized through MapManWeb. By the integration of complex data in a framework of existing knowledge, GabiPD provides new insights and allows for new interpretations of the data.
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