Detecting microRNA-mediated gene regulatory effects in murine neuronal subpopulations.
Detecting microRNA-mediated gene regulatory effects in murine neuronal subpopulations.
复制标题
检测小鼠神经元亚群中微小RNA介导的基因调控效应
DOI：
10.1016/j.xpro.2022.101130
复制
发表时间：
2022-03-18
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Pfaff SL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Amin ND;Senturk G;Hayashi M;Driscoll SP;Pfaff SL
微小RNA（miRNAs）在不同的神经元亚群中具有独特的基因调控作用。在此，我们描述了一种用于鉴定miRNA在小鼠运动神经元亚群中的神经元亚型特异性作用的实验方案。我们详细介绍了用于单细胞RNA测序的原代小鼠脊髓组织的制备以及对拟批量表达数据的生物信息学分析。该方案应用差异基因表达检测方法来鉴定异质性神经元亚群中的miRNA靶标网络，而这是批量RNA测序方法无法做到的。
有关该方案的使用和实施的完整细节，请参考……
在胚胎小鼠脊髓解剖过程中小心去除脑膜
运动神经元的荧光激活细胞分选
对计算机鉴定出的细胞群体之间进行差异表达检测
超几何富集分析检测失调的miRNA靶标
微小RNA（miRNAs）在不同的神经元亚群中具有独特的基因调控作用。在此，我们描述了一种用于鉴定miRNA在小鼠运动神经元亚群中的神经元亚型特异性作用的实验方案。我们详细介绍了用于单细胞RNA测序的原代小鼠脊髓组织的制备以及对拟批量表达数据的生物信息学分析。该方案应用差异基因表达检测方法来鉴定异质性神经元亚群中的miRNA靶标网络，而这是批量RNA测序方法无法做到的。
microRNAs (miRNAs) have unique gene regulatory effects in different neuronal subpopulations. Here, we describe a protocol to identify neuronal subtype-specific effects of a miRNA in murine motor neuron subpopulations. We detail the preparation of primary mouse spinal tissue for single cell RNA sequencing and bioinformatics analyses of pseudobulk expression data. This protocol applies differential gene expression testing approaches to identify miRNA target networks in heterogeneous neuronal subpopulations that cannot otherwise be captured by bulk RNA sequencing approaches. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. Careful removal of the meninges during embryonic mouse spinal cord dissection Fluorescence-activated cell sorting of motor neurons Perform differential expression testing between cell populations identified in silico Hypergeometric enrichment analysis detects dysregulated miRNA targets microRNAs (miRNAs) have unique gene regulatory effects in different neuronal subpopulations. Here, we describe a protocol to identify neuronal subtype-specific effects of a miRNA in murine motor neuron subpopulations. We detail the preparation of primary mouse spinal tissue for single cell RNA sequencing and bioinformatics analyses of pseudobulk expression data. This protocol applies differential gene expression testing approaches to identify miRNA target networks in heterogeneous neuronal subpopulations that cannot otherwise be captured by bulk RNA sequencing approaches.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1126/science.aad2509
发表时间：
2015-12-18
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Amin ND;Bai G;Klug JR;Bonanomi D;Pankratz MT;Gifford WD;Hinckley CA;Sternfeld MJ;Driscoll SP;Dominguez B;Lee KF;Jin X;Pfaff SL
通讯作者：
Pfaff SL
影响因子：
4.6
作者：
Lee, SK;Jurata, LW;Pfaff, SL
通讯作者：
Pfaff, SL
影响因子：
14.9
作者：
Metsalu T;Vilo J
通讯作者：
Vilo J
影响因子：
64.5
作者：
Alaynick WA;Jessell TM;Pfaff SL
通讯作者：
Pfaff SL
影响因子：
5.3
作者：
Stifani N
通讯作者：
Stifani N