Efficient quantitative monitoring of translational initiation by RelE cleavage.
Efficient quantitative monitoring of translational initiation by RelE cleavage.
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DOI：
10.1093/nar/gkac614
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发表时间：
2022-10-14
影响因子：
14.9
通讯作者：
Strobel, Scott A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Focht, Caroline M.;Strobel, Scott A.
mRNA的5′非翻译区（5′-UTR）的序列改变了生命领域的基因表达。转录调节因子可以很容易地通过转录终止来测定，但翻译调节因子通常需要间接的、费力的方法。我们利用RelE的核糖体依赖性核酸内切酶活性来开发一种定量测定来监测顺式调节mRNA的翻译起始。RelE切割准确地报告了两个翻译核糖开关的核糖体缔合中的配体依赖性变化，并提供了关于每个开关的灵敏度和响应范围的定量信息。RelE精确地读出核糖开关特异性和功能的序列驱动的变化，并且定量地依赖于配体浓度。RelE切割类似地捕获酵母5′-UTR同种型之间的翻译起始差异。因此，RelE切割可以揭示大量关于生命不同领域中翻译起始的信息。
The sequences of the 5′ untranslated regions (5′-UTRs) of mRNA alter gene expression across domains of life. Transcriptional modulators can be easily assayed through transcription termination, but translational regulators often require indirect, laborious methods. We have leveraged RelE’s ribosome-dependent endonuclease activity to develop a quantitative assay to monitor translation initiation of cis-regulatory mRNAs. RelE cleavage accurately reports ligand-dependent changes in ribosome association for two translational riboswitches and provides quantitative information about each switch's sensitivity and range of response. RelE accurately reads out sequence-driven changes in riboswitch specificity and function and is quantitatively dependent upon ligand concentration. RelE cleavage similarly captures differences in translation initiation between yeast 5′-UTR isoforms. RelE cleavage can thus reveal a plethora of information about translation initiation in different domains of life.
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