ZFLNC: a comprehensive and well-annotated database for zebrafish lncRNA.
ZFLNC: a comprehensive and well-annotated database for zebrafish lncRNA.
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ZFLNC：斑马鱼 lncRNA 的全面且注释完善的数据库
DOI：
10.1093/database/bay114
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发表时间：
2018-01-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Liu C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu X;Chen W;Li J;Huang S;Xu X;Zhang X;Xiang S;Liu C
摘要有新的证据表明lncRNA可以参与各种重要的生物学过程。斑马鱼是一种完全开发的模型系统，被用于各种基础研究和生物医学研究。因此，它是研究lncRNA功能和作用机制的理想模式生物。在此，我们构建了ZFLNC--一个斑马鱼lncRNA的综合数据库，致力于为相关学术界提供一个基于斑马鱼的平台，用于深入探索斑马鱼及其哺乳动物的lncRNA。该数据库中lncRNA的主要数据来源于NCBI、Ensembl、NONCODE、zflncRNApedia和文献。我们还通过分析SRA数据库中的RNA-Seq数据集获得了lncRNA作为补充。利用这些IncRNA，我们进一步进行了表达谱分析、共表达网络预测、基因本体论（GO）/京都基因和基因组百科全书（KEGG）/在线人类孟德尔遗传（OMIM）注释和保守性分析。据我们所知，ZFLNC是最全面和注释最好的斑马鱼lncRNA数据库。
Abstract There is emerging evidence showing that lncRNAs can be involved in various critical biological processes. Zebrafish is a fully developed model system being used in a variety of basic research and biomedical studies. Hence, it is an ideal model organism to study the functions and mechanisms of lncRNAs. Here, we constructed ZFLNC—a comprehensive database of zebrafish lncRNA that is dedicated to providing a zebrafish-based platform for deep exploration of zebrafish lncRNAs and their mammalian counterparts to the relevant academic communities. The main data resources of lncRNAs in this database come from the NCBI, Ensembl, NONCODE, zflncRNApedia and literature. We also obtained lncRNAs as a supplement by analysing RNA-Seq datasets from SRA database. With these IncRNAs, we further carried out expression profiling, co-expression network prediction, Gene Ontology (GO)/Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)/Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) annotation and conservation analysis. As far as we know, ZFLNC is the most comprehensive and well-annotated database for zebrafish lncRNA.
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影响因子：
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发表时间：
2011-03-15
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