lncRNAdb v2.0: expanding the reference database for functional long noncoding RNAs.
lncRNAdb v2.0: expanding the reference database for functional long noncoding RNAs.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gku988
复制
发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Dinger ME
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Quek XC;Thomson DW;Maag JL;Bartonicek N;Signal B;Clark MB;Gloss BS;Dinger ME
尽管长链非编码RNA（lncRNA）基因在真核生物基因组中普遍存在，但只有一小部分基因的生物学功能得到了研究。lncRNAdb可在http://lncrnadb.org上获得，为用户提供了一个全面的，手动管理的参考数据库，其中包含287种真核lncRNA，这些真核lncRNA已在科学文献中独立描述。除了捕获大部分描述单个lncRNA功能的最新文献外，lncRNAdb现在还提供了一个改进的用户界面，可以更好地访问序列信息，表达数据和文献。lncRNAdb的新功能包括整合Illumina Body Atlas表达谱、核苷酸序列信息、BLAST搜索工具以及通过直接下载或REST API轻松导出内容。lncRNAdb现已得到RNAcentral的认可，并符合国际核苷酸序列数据库合作组织的要求。
Despite the prevalence of long noncoding RNA (lncRNA) genes in eukaryotic genomes, only a small proportion have been examined for biological function. lncRNAdb, available at http://lncrnadb.org, provides users with a comprehensive, manually curated reference database of 287 eukaryotic lncRNAs that have been described independently in the scientific literature. In addition to capturing a great proportion of the recent literature describing functions for individual lncRNAs, lncRNAdb now offers an improved user interface enabling greater accessibility to sequence information, expression data and the literature. The new features in lncRNAdb include the integration of Illumina Body Atlas expression profiles, nucleotide sequence information, a BLAST search tool and easy export of content via direct download or a REST API. lncRNAdb is now endorsed by RNAcentral and is in compliance with the International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
登录
查看更多内容
Diana-LNCBASE：长期非编码RNA上经过实验验证和计算预测的microRNA靶标。
影响因子：
14.9
作者：
Paraskevopoulou MD;Georgakilas G;Kostoulas N;Reczko M;Maragkakis M;Dalamagas TM;Hatzigeorgiou AG
通讯作者：
Hatzigeorgiou AG
starBase v2.0：从大规模 CLIP-Seq 数据中解码 miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA 和蛋白质-RNA 相互作用网络
影响因子：
14.9
作者：
Li JH;Liu S;Zhou H;Qu LH;Yang JH
通讯作者：
Yang JH
影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
影响因子：
4.3
作者：
Dinger ME;Pang KC;Mercer TR;Mattick JS
通讯作者：
Mattick JS
影响因子：
3.7
作者：
Das S;Ghosal S;Sen R;Chakrabarti J
通讯作者：
Chakrabarti J