PGP: parallel prokaryotic proteogenomics pipeline for MPI clusters, high-throughput batch clusters and multicore workstations.
PGP: parallel prokaryotic proteogenomics pipeline for MPI clusters, high-throughput batch clusters and multicore workstations.
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PGP：用于MPI簇，高灌注批次群集和多层工作站的平行原核蛋白质组学管道。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu051
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发表时间：
2014-05-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Payne SH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tovchigrechko A;Venepally P;Payne SH
摘要：我们介绍了我们的蛋白质组注释流水线的第一个公开发布。我们之前已经使用我们最初未发布的实现来改进46个不同原核基因组的注释，方法是发现新基因、翻译后修改，并通过分析蛋白质组质谱数据纠正错误的注释。这个公共版本经过重新设计，可以在广泛的并行Linux计算环境中运行，并提供了自动配置、构建和测试设施，以便于部署和移植。可获得性和实现：在GPL许可下，可以从https://bitbucket.org/andreyto/proteogenomics免费获得源代码。它是用Python和C++实现的。它捆绑Makeflow引擎来执行工作流。联系方式：atovtchi@jcvi.org
Summary: We present the first public release of our proteogenomic annotation pipeline. We have previously used our original unreleased implementation to improve the annotation of 46 diverse prokaryotic genomes by discovering novel genes, post-translational modifications and correcting the erroneous annotations by analyzing proteomic mass-spectrometry data. This public version has been redesigned to run in a wide range of parallel Linux computing environments and provided with the automated configuration, build and testing facilities for easy deployment and portability. Availability and implementation: Source code is freely available from https://bitbucket.org/andreyto/proteogenomics under GPL license. It is implemented in Python and C++. It bundles the Makeflow engine to execute the workflows. Contact: atovtchi@jcvi.org
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