OXSA: An open-source magnetic resonance spectroscopy analysis toolbox in MATLAB.
OXSA: An open-source magnetic resonance spectroscopy analysis toolbox in MATLAB.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0185356
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Rodgers CT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Purvis LAB;Clarke WT;Biasiolli L;Valkovič L;Robson MD;Rodgers CT
体内磁共振波谱可以深入了解人体的新陈代谢。通常会提出新的采集协议来提高数据收集的质量或效率。还必须开发处理管道以最佳地使用这些数据。当前的拟合软件要么针对一般光谱拟合，要么针对特定协议。因此，我们引入了基于 MATLAB 的 OXford 光谱分析 (OXSA) 工具箱，使研究人员能够快速开发自己的定制处理流程。该工具箱旨在通过以下方式简化开发： 易于安装和使用；无缝导入西门子医学数字成像和通信（DICOM）标准数据；允许光谱数据可视化；提供稳健的验配程序；拟合时灵活指定先验知识；并允许光谱的批量处理。本文演示了如何满足每个标准，并提供有关在 MATLAB 中实现的技术细节。该代码可以从 https://github.com/oxsatoolbox/oxsa 免费下载。
In vivo magnetic resonance spectroscopy provides insight into metabolism in the human body. New acquisition protocols are often proposed to improve the quality or efficiency of data collection. Processing pipelines must also be developed to use these data optimally. Current fitting software is either targeted at general spectroscopy fitting, or for specific protocols. We therefore introduce the MATLAB-based OXford Spectroscopy Analysis (OXSA) toolbox to allow researchers to rapidly develop their own customised processing pipelines. The toolbox aims to simplify development by: being easy to install and use; seamlessly importing Siemens Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM) standard data; allowing visualisation of spectroscopy data; offering a robust fitting routine; flexibly specifying prior knowledge when fitting; and allowing batch processing of spectra. This article demonstrates how each of these criteria have been fulfilled, and gives technical details about the implementation in MATLAB. The code is freely available to download from https://github.com/oxsatoolbox/oxsa.
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