A global ocean atlas of eukaryotic genes.
A global ocean atlas of eukaryotic genes.
复制标题
真核基因的全球海洋大图。
DOI：
10.1038/s41467-017-02342-1
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发表时间：
2018-01-25
影响因子：
16.6
通讯作者：
Wincker P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Carradec Q;Pelletier E;Da Silva C;Alberti A;Seeleuthner Y;Blanc-Mathieu R;Lima-Mendez G;Rocha F;Tirichine L;Labadie K;Kirilovsky A;Bertrand A;Engelen S;Madoui MA;Méheust R;Poulain J;Romac S;Richter DJ;Yoshikawa G;Dimier C;Kandels-Lewis S;Picheral M;Searson S;Tara Oceans Coordinators;Jaillon O;Aury JM;Karsenti E;Sullivan MB;Sunagawa S;Bork P;Not F;Hingamp P;Raes J;Guidi L;Ogata H;de Vargas C;Iudicone D;Bowler C;Wincker P
由于基因组学和宏基因组学的最新进展，我们对海洋中微生物和病毒作用的了解大大增加，但对海洋微生物真核生物和浮游动物的研究从这些新技术中受益要少得多，因为它们的基因组更大，多样性巨大，生理学基本上未经探索。在这里，我们使用元转录组学的方法来捕获表达的基因在开放的海洋塔拉海洋站在四个有机体大小的分数。单个序列读段聚类成1.16亿个unigenes，代表来自任何单个生物群系的真核转录物的最大参考集合。该目录用于揭示真核海洋浮游生物表达的功能，并评估其功能性生物地理学。几乎一半的序列与已知蛋白质没有相似性，并且大量属于在海洋中有限分布的新基因家族。总体而言，该资源为探索海洋真核生物在海洋生态学和海洋地球化学中的作用提供了基础。海洋微生物真核生物和浮游动物显示出巨大的多样性和基本上未探索的生理。在这里，作者使用元转录组学分析了来自公海站的四种生物体大小组分，提供了来自任何单一生物群的真核转录物的最大参考集合。
While our knowledge about the roles of microbes and viruses in the ocean has increased tremendously due to recent advances in genomics and metagenomics, research on marine microbial eukaryotes and zooplankton has benefited much less from these new technologies because of their larger genomes, their enormous diversity, and largely unexplored physiologies. Here, we use a metatranscriptomics approach to capture expressed genes in open ocean Tara Oceans stations across four organismal size fractions. The individual sequence reads cluster into 116 million unigenes representing the largest reference collection of eukaryotic transcripts from any single biome. The catalog is used to unveil functions expressed by eukaryotic marine plankton, and to assess their functional biogeography. Almost half of the sequences have no similarity with known proteins, and a great number belong to new gene families with a restricted distribution in the ocean. Overall, the resource provides the foundations for exploring the roles of marine eukaryotes in ocean ecology and biogeochemistry. Marine microbial eukaryotes and zooplankton display enormous diversity and largely unexplored physiologies. Here, the authors use metatranscriptomics to analyze four organismal size fractions from open-ocean stations, providing the largest reference collection of eukaryotic transcripts from any single biome.
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DOI：
10.1146/annurev-virology-031413-085540
发表时间：
2015-01-01
期刊：
ANNUAL REVIEW OF VIROLOGY, VOL 2
影响因子：
--
作者：
Chow, Cheryl-Emiliane T.;Suttle, Curtis A.
通讯作者：
Suttle, Curtis A.
影响因子：
64.8
作者：
Guidi L;Chaffron S;Bittner L;Eveillard D;Larhlimi A;Roux S;Darzi Y;Audic S;Berline L;Brum J;Coelho LP;Espinoza JCI;Malviya S;Sunagawa S;Dimier C;Kandels-Lewis S;Picheral M;Poulain J;Searson S;Tara Oceans coordinators;Stemmann L;Not F;Hingamp P;Speich S;Follows M;Karp-Boss L;Boss E;Ogata H;Pesant S;Weissenbach J;Wincker P;Acinas SG;Bork P;de Vargas C;Iudicone D;Sullivan MB;Raes J;Karsenti E;Bowler C;Gorsky G
通讯作者：
Gorsky G
影响因子：
10.7
作者：
Katoh K;Standley DM
通讯作者：
Standley DM
影响因子：
56.9
作者：
Brum, Jennifer R.;Ignacio-Espinoza, J. Cesar;Sullivan, Matthew B.
通讯作者：
Sullivan, Matthew B.
DOI：
10.1073/pnas.1110889108
发表时间：
2011-10-18
影响因子：
11.1
作者：
Arslan, Defne;Legendre, Matthieu;Claverie, Jean-Michel
通讯作者：
Claverie, Jean-Michel