Pharos: Collating protein information to shed light on the druggable genome.
Pharos: Collating protein information to shed light on the druggable genome.
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DOI：
10.1093/nar/gkw1072
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Guha R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nguyen DT;Mathias S;Bologa C;Brunak S;Fernandez N;Gaulton A;Hersey A;Holmes J;Jensen LJ;Karlsson A;Liu G;Ma'ayan A;Mandava G;Mani S;Mehta S;Overington J;Patel J;Rouillard AD;Schürer S;Sheils T;Simeonov A;Sklar LA;Southall N;Ursu O;Vidovic D;Waller A;Yang J;Jadhav A;Oprea TI;Guha R
“可药物基因组”包括几个蛋白质家族，但其中只有一个子集的靶标吸引了大量的研究关注，因此有关于它们的公开信息。照亮可药物基因组(IDG)计划于2014年启动，目标是开发实验技术和一个知识管理中心(KMC)，该中心将收集和组织来自四个家庭的蛋白质靶标的信息，代表最常见的可药物靶标，重点是研究不足的蛋白质。这里，我们描述了由KMC开发的两个资源：目标中央资源数据库(TCRD)，它整理了许多不同种类的基因/蛋白质数据集；以及PHAROS(https://pharos.nih.gov)，，一个呈现来自TCRD的数据的多模式网络界面)。我们简要描述KMC考虑的数据类型和来源，然后重点介绍Pharos界面的功能，该界面旨在实现对IDG知识库的直观访问。Pharos的目的是鼓励“偶然浏览”，从而使相关的、相关的信息很容易被发现。最后，我们描述了两个突出Pharos和TCRD效用的用例。
The ‘druggable genome’ encompasses several protein families, but only a subset of targets within them have attracted significant research attention and thus have information about them publicly available. The Illuminating the Druggable Genome (IDG) program was initiated in 2014, has the goal of developing experimental techniques and a Knowledge Management Center (KMC) that would collect and organize information about protein targets from four families, representing the most common druggable targets with an emphasis on understudied proteins. Here, we describe two resources developed by the KMC: the Target Central Resource Database (TCRD) which collates many heterogeneous gene/protein datasets and Pharos (https://pharos.nih.gov), a multimodal web interface that presents the data from TCRD. We briefly describe the types and sources of data considered by the KMC and then highlight features of the Pharos interface designed to enable intuitive access to the IDG knowledgebase. The aim of Pharos is to encourage ‘serendipitous browsing’, whereby related, relevant information is made easily discoverable. We conclude by describing two use cases that highlight the utility of Pharos and TCRD.
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影响因子：
7.3
作者：
Munk C;Isberg V;Mordalski S;Harpsøe K;Rataj K;Hauser AS;Kolb P;Bojarski AJ;Vriend G;Gloriam DE
通讯作者：
Gloriam DE
2016年治疗靶点数据库更新：丰富的临床药物靶点资源和靶向途径信息
影响因子：
14.9
作者：
Yang H;Qin C;Li YH;Tao L;Zhou J;Yu CY;Xu F;Chen Z;Zhu F;Chen YZ
通讯作者：
Chen YZ
DOI：
10.1038/nrd.2016.230
发表时间：
2017-01
期刊：
Nature reviews. Drug discovery
影响因子：
--
作者：
Santos R;Ursu O;Gaulton A;Bento AP;Donadi RS;Bologa CG;Karlsson A;Al-Lazikani B;Hersey A;Oprea TI;Overington JP
通讯作者：
Overington JP
影响因子：
14.9
作者：
Mi H;Poudel S;Muruganujan A;Casagrande JT;Thomas PD
通讯作者：
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3
作者：
Makley LN;Gestwicki JE
通讯作者：
Gestwicki JE