Leveraging Immonium Ions for Targeting Acyl-Lysine Modifications in Proteomic Datasets.
Leveraging Immonium Ions for Targeting Acyl-Lysine Modifications in Proteomic Datasets.
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DOI：
10.1002/pmic.202000111
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发表时间：
2021-03
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Loo JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Muroski JM;Fu JY;Nguyen HH;Ogorzalek Loo RR;Loo JA
酰基修饰在蛋白质修饰的元素组成和位点方面差异很大。开发更自信地识别酰基修饰的方法可以帮助评估这些修饰在大型蛋白质组学数据集中的范围。我们分析了酰基赖氨酸免疫离子在蛋白质组学数据集中识别修饰的效用。我们证明了环化铵离子是赖氨酸存在的一个强有力的指标，当它的等级或相对丰度与其他离子相比，在一个光谱中被考虑。在霰弹枪实验中，采用阶梯碰撞能量法对铵离子进行了强反射。通过对每个MS2谱内的特征进行分析，该方法清楚地从复杂的裂解物中识别出具有短链酰基赖氨酸修饰的肽。铵离子也可用于验证新的酰基修饰；在这项研究中，我们报道了第一个3-羟基苯基赖氨酸修饰的例子，并使用铵离子对它们进行了验证。总的来说，这些结果巩固了在复杂的蛋白质组学数据集中将氨离子作为酰基赖氨酸修饰的标记物的使用。
Acyl modifications vary greatly in terms of elemental composition and site of protein modification. Developing methods to identify acyl modifications more confidently can help to assess the scope of these modifications in large proteomic datasets. We analyze the utility of acyl-lysine immonium ions for identifying the modifications in proteomic datasets. We demonstrate that the cyclized immonium ion is a strong indicator of acyl-lysine presence when its rank or relative abundance compared to other ions within a spectrum is considered. Utilizing a stepped collision energy method in a shotgun experiment highlights the immonium ion strongly. By implementing an analysis that accounted for features within each MS2 spectrum, the method clearly identified peptides with short chain acyl-lysine modifications from complex lysates. Immonium ions can also be used to validate novel acyl-modifications; in this study we report the first examples of 3-hydroxylpimelyl-lysine modifications and validate them using immonium ions. Overall these results solidify the use of the immonium ion as a marker for acyl-lysine modifications in complex proteomic datasets.
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影响因子：
4.4
作者：
Erde, Jonathan;Loo, Rachel R. Ogorzalek;Loo, Joseph A.
通讯作者：
Loo, Joseph A.
DOI：
10.1073/pnas.0607084104
发表时间：
2007-02-13
影响因子：
11.1
作者：
Chi, An;Huttenhower, Curtis;Hunt, Donald F.
通讯作者：
Hunt, Donald F.
影响因子：
4.4
作者：
Halim, Adnan;Westerlind, Ulrika;Nilsson, Jonas
通讯作者：
Nilsson, Jonas
影响因子：
3.6
作者：
Crosby HA;Heiniger EK;Harwood CS;Escalante-Semerena JC
通讯作者：
Escalante-Semerena JC
DOI：
10.1016/1044-0305(93)87006-x
发表时间：
1993-11-01
影响因子：
3.2
作者：
FALICK, AM;HINES, WM;GIBSON, BW
通讯作者：
GIBSON, BW