GenomeCRISPR - a database for high-throughput CRISPR/Cas9 screens.
GenomeCRISPR - a database for high-throughput CRISPR/Cas9 screens.
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DOI：
10.1093/nar/gkw997
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Boutros M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rauscher B;Heigwer F;Breinig M;Winter J;Boutros M
在过去的几年里，CRISPR/Cas9介导的基因组编辑已发展成为修改各种生物体基因组的强大工具。在高通量筛选中，CRISPR/Cas9 介导的基因扰动可用于全基因组的系统功能分析。此类筛选的发现提供了有关各种生物模型系统中基因与表型关系的丰富知识。然而，一直缺乏有效查询结果的数据库资源。为此，我们开发了 GenomeCRISPR (http://genomecrispr.org)，这是一个用于基因组规模 CRISPR/Cas9 筛选的数据库。目前，GenomeCRISPR 包含超过 550 000 个单向导 RNA (sgRNA) 的数据，这些数据源自在 48 个不同人类细胞系中进行的 84 次不同实验，包括迄今为止发布的使用 CRISPR/Cas 在人类细胞中进行的所有筛选。 GenomeCRISPR 提供数据挖掘选项和工具，例如基因或基因组区域搜索。表型和基因组轨迹视图允许用户研究和比较不同筛选的结果，或不同 sgRNA 对感兴趣基因的影响。应用程序编程接口 (API) 允许自动数据访问和批量下载。随着更多筛选数据的出现，我们还致力于扩展数据库，以包含来自其他生物体的功能基因组数据，并实现跨物种比较。
Over the past years, CRISPR/Cas9 mediated genome editing has developed into a powerful tool for modifying genomes in various organisms. In high-throughput screens, CRISPR/Cas9 mediated gene perturbations can be used for the systematic functional analysis of whole genomes. Discoveries from such screens provide a wealth of knowledge about gene to phenotype relationships in various biological model systems. However, a database resource to query results efficiently has been lacking. To this end, we developed GenomeCRISPR (http://genomecrispr.org), a database for genome-scale CRISPR/Cas9 screens. Currently, GenomeCRISPR contains data on more than 550 000 single guide RNAs (sgRNA) derived from 84 different experiments performed in 48 different human cell lines, comprising all screens in human cells using CRISPR/Cas published to date. GenomeCRISPR provides data mining options and tools, such as gene or genomic region search. Phenotypic and genome track views allow users to investigate and compare the results of different screens, or the impact of different sgRNAs on the gene of interest. An Application Programming Interface (API) allows for automated data access and batch download. As more screening data will become available, we also aim at extending the database to include functional genomic data from other organisms and enable cross-species comparisons.
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影响因子：
14.9
作者：
Schmidt EE;Pelz O;Buhlmann S;Kerr G;Horn T;Boutros M
通讯作者：
Boutros M
影响因子：
64.8
作者：
Konermann S;Brigham MD;Trevino AE;Joung J;Abudayyeh OO;Barcena C;Hsu PD;Habib N;Gootenberg JS;Nishimasu H;Nureki O;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv308
发表时间：
2015-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Hodgkins A;Farne A;Perera S;Grego T;Parry-Smith DJ;Skarnes WC;Iyer V
通讯作者：
Iyer V
DOI：
10.1093/database/bav055
发表时间：
2015
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Kaur K;Tandon H;Gupta AK;Kumar M
通讯作者：
Kumar M
影响因子：
46.9
作者：
Doench JG;Fusi N;Sullender M;Hegde M;Vaimberg EW;Donovan KF;Smith I;Tothova Z;Wilen C;Orchard R;Virgin HW;Listgarten J;Root DE
通讯作者：
Root DE