CrisprGE: a central hub of CRISPR/Cas-based genome editing.
CrisprGE: a central hub of CRISPR/Cas-based genome editing.
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DOI：
10.1093/database/bav055
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kumar M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kaur K;Tandon H;Gupta AK;Kumar M
CRISPR系统是一种强大的防御机制，在细菌和古细菌中提供对病毒的免疫。最近，这一过程在基因组的预定靶向中有了新的应用。crispr介导的基因组编辑主要由单导RNA和Cas9蛋白两个主要成分完成。尽管这一领域产生了巨大的数据，但缺乏高吞吐量的资源。因此，我们开发了CrisprGE，一个基于CRISPR/ cas的基因组编辑的中心枢纽。目前，该数据库共拥有来自32种模型和其他生物的223个独特基因的4680个条目。它包括生物体、基因、靶基因序列、基因修饰、修饰长度、基因组编辑效率、细胞系、测定等信息。这个存储库是使用开源LAMP （Linux Apache MYSQL PHP）服务器开发的。用户友好的浏览，搜索设施集成方便的数据检索。它还包括有用的工具，如BLAST CrisprGE， BLAST NTdb和CRISPR Mapper。考虑到CRISPR在生物学和治疗学的广泛领域的潜在效用，我们预计这个平台将有助于加速基因组工程这一新兴领域的研究。数据库地址：http://crdd.osdd.net/servers/crisprge/。
CRISPR system is a powerful defense mechanism in bacteria and archaea to provide immunity against viruses. Recently, this process found a new application in intended targeting of the genomes. CRISPR-mediated genome editing is performed by two main components namely single guide RNA and Cas9 protein. Despite the enormous data generated in this area, there is a dearth of high throughput resource. Therefore, we have developed CrisprGE, a central hub of CRISPR/Cas-based genome editing. Presently, this database holds a total of 4680 entries of 223 unique genes from 32 model and other organisms. It encompasses information about the organism, gene, target gene sequences, genetic modification, modifications length, genome editing efficiency, cell line, assay, etc. This depository is developed using the open source LAMP (Linux Apache MYSQL PHP) server. User-friendly browsing, searching facility is integrated for easy data retrieval. It also includes useful tools like BLAST CrisprGE, BLAST NTdb and CRISPR Mapper. Considering potential utilities of CRISPR in the vast area of biology and therapeutics, we foresee this platform as an assistance to accelerate research in the burgeoning field of genome engineering. Database URL: http://crdd.osdd.net/servers/crisprge/.
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2014-08-19
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--
作者：
通讯作者：
--
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