A compendium of RNA-binding motifs for decoding gene regulation.
A compendium of RNA-binding motifs for decoding gene regulation.
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RNA结合蛋白是基因表达的关键调节因子，但只有一小部分已被功能性地表征。在这里，我们报告了一个系统的分析RNA结合蛋白，包括205个不同的基因，从24个不同的真核生物的RNA基序。RNA结合蛋白的序列特异性显示出很深的进化保守性，因此可以从它们的RNA结合结构域序列推断出大部分后生动物RNA结合蛋白的识别偏好。我们在体外鉴定的基序与体内RNA结合数据相关性很好。此外，我们可以将它们与不同类型的转录后调控中的不同功能作用联系起来，从而对RNA结合蛋白在正常生理学和人类疾病中的功能有了新的认识。这些数据提供了前所未有的RNA结合蛋白及其靶点的概述，并构成了确定真核生物转录后调控机制的宝贵资源。
RNA-binding proteins are key regulators of gene expression, yet only a small fraction have been functionally characterized. Here we report a systematic analysis of the RNA motifs recognized by RNA-binding proteins, encompassing 205 distinct genes from 24 diverse eukaryotes. The sequence specificities of RNA-binding proteins display deep evolutionary conservation, and the recognition preferences for a large fraction of metazoan RNA-binding proteins can thus be inferred from their RNA-binding domain sequence. The motifs that we identify in vitro correlate well with in vivo RNA-binding data. Moreover, we can associate them with distinct functional roles in diverse types of post-transcriptional regulation, enabling new insights into the functions of RNA-binding proteins both in normal physiology and in human disease. These data provide an unprecedented overview of RNA-binding proteins and their targets, and constitute an invaluable resource for determining post-transcriptional regulatory mechanisms in eukaryotes.
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