Transcriptomic Analysis of CD4(+) T Cells Reveals Novel Immune Signatures of Latent Tuberculosis.
Transcriptomic Analysis of CD4(+) T Cells Reveals Novel Immune Signatures of Latent Tuberculosis.
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DOI：
10.4049/jimmunol.1800118
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发表时间：
2018-05-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Peters B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Burel JG;Lindestam Arlehamn CS;Khan N;Seumois G;Greenbaum JA;Taplitz R;Gilman RH;Saito M;Vijayanand P;Sette A;Peters B
在感染性疾病的背景下，细胞群体转录组学可用于获得对保护性免疫应答的机制性洞察，这是使用传统全血方法不可能实现的。在这项研究中，我们应用细胞群体转录组学策略分选记忆CD 4 T细胞，以定义潜伏性结核感染（LTBI）的新免疫特征，并深入了解结核病（TB）特异性CD 4 T细胞的表型。我们发现了一个74基因的签名，可以区分记忆CD 4 T细胞从健康的潜伏性结核分枝杆菌感染的受试者和未感染的对照。该基因特征与CD 4 T细胞的Th 1 *（CCR 6 + CXCR 3 + CCR 4 −）亚群的基因特征显著重叠，后者包含大部分TB特异性反应性，并在LTBI中扩增。特别是，三个Th 1 * 基因（ABCB 1，c-KIT，和GPA 33）的差异表达在RNA和蛋白质水平的记忆CD 4 T细胞LTBI受试者与对照组相比。74个基因的特征还突出了新的表型标记物，其进一步定义了含有TB特异性的CD 4 T细胞亚群。我们在CD 62 L-GPA 33-Th 1 * 亚群中发现了大部分TB特异性表位反应性。因此，通过结合细胞群体转录组学和单细胞蛋白质谱分析技术，我们确定了LTBI的CD 4 T细胞免疫特征，为TB特异性CD 4 T细胞的表型提供了新的见解。
In the context of infectious diseases, cell population transcriptomics are useful to gain mechanistic insight into protective immune responses, which is not possible using traditional whole-blood approaches. In this study, we applied a cell population transcriptomics strategy to sorted memory CD4 T cells to define novel immune signatures of latent tuberculosis infection (LTBI) and gain insight into the phenotype of tuberculosis (TB)-specific CD4 T cells. We found a 74-gene signature that could discriminate between memory CD4 T cells from healthy latently Mycobacterium tuberculosis–infected subjects and noninfected controls. The gene signature presented a significant overlap with the gene signature of the Th1* (CCR6+CXCR3+CCR4−) subset of CD4 T cells, which contains the majority of TB-specific reactivity and is expanded in LTBI. In particular, three Th1* genes (ABCB1, c-KIT, and GPA33) were differentially expressed at the RNA and protein levels in memory CD4 T cells of LTBI subjects compared with controls. The 74-gene signature also highlighted novel phenotypic markers that further defined the CD4 T cell subset containing TB specificity. We found the majority of TB-specific epitope reactivity in the CD62L−GPA33− Th1* subset. Thus, by combining cell population transcriptomics and single-cell protein-profiling techniques, we identified a CD4 T cell immune signature of LTBI that provided novel insights into the phenotype of TB-specific CD4 T cells.
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影响因子：
82.9
作者：
Harari A;Rozot V;Bellutti Enders F;Perreau M;Stalder JM;Nicod LP;Cavassini M;Calandra T;Blanchet CL;Jaton K;Faouzi M;Day CL;Hanekom WA;Bart PA;Pantaleo G
通讯作者：
Pantaleo G
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
4.6
作者：
Coppola M;van Meijgaarden KE;Franken KL;Commandeur S;Dolganov G;Kramnik I;Schoolnik GK;Comas I;Lund O;Prins C;van den Eeden SJ;Korsvold GE;Oftung F;Geluk A;Ottenhoff TH
通讯作者：
Ottenhoff TH
DOI：
10.1073/pnas.94.2.469
发表时间：
1997-01-21
影响因子：
11.1
作者：
Heath, JK;White, SJ;Burgess, AW
通讯作者：
Burgess, AW
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
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