CLIPdb: a CLIP-seq database for protein-RNA interactions.
CLIPdb: a CLIP-seq database for protein-RNA interactions.
复制标题
DOI：
10.1186/s12864-015-1273-2
复制
发表时间：
2015-02-05
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Lu ZJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang YC;Di C;Hu B;Zhou M;Liu Y;Song N;Li Y;Umetsu J;Lu ZJ
RNA结合蛋白(RNAbindingProteins，RBPs)通过与RNA转录本相互作用，在基因表达调控中发挥重要作用，包括编码、规范非编码和长非编码RNA。最近已经产生了大量的交联免疫沉淀(CLIP)序列数据(包括HITS-CLIP、PAR-CLIP和iCLIP)，以在单核苷酸水平上揭示RBPs的转录组范围的结合位点。在这里，我们构建了一个数据库CLIPdb，以描述RBP-RNA的相互作用，基于395个公开可用的CLIP-SEQ数据集，这些数据集来自四个生物：人、小鼠、蠕虫和酵母。我们一致地对CLIP-SEQ数据集和限制性商业惯例进行了注释，并开发了一个用户友好的界面，用于快速导航CLIP-SEQ数据。我们应用一种统一的计算方法来确定转录组范围的结合位点，使结合位点直接可比较，并可用于不同CLIP-SEQ研究的整合数据。使用浏览器可以在全基因组范围内可视化限制性商业惯例的高分辨率结合位点。此外，用户可以通过查询感兴趣的基因，包括蛋白质编码基因和非编码RNA，浏览和下载所有已识别的限制性商业惯例的结合位点。可公开获得的CLIP-SEQ数据集的人工管理的元数据和统一确定的结合位点将成为进一步综合和比较分析的基础。通过保持最新的数据集和改进的功能，CLIPdb(http://clipdb.ncrnalab.org))将成为增进对转录后调控网络的理解的宝贵资源。本文的在线版本(doi：10.1186/s12864-015-1273-2)包含补充材料，授权用户可以使用。
RNA-binding proteins (RBPs) play essential roles in gene expression regulation through their interactions with RNA transcripts, including coding, canonical non-coding and long non-coding RNAs. Large amounts of crosslinking immunoprecipitation (CLIP)-seq data (including HITS-CLIP, PAR-CLIP, and iCLIP) have been recently produced to reveal transcriptome-wide binding sites of RBPs at the single-nucleotide level. Here, we constructed a database, CLIPdb, to describe RBP-RNA interactions based on 395 publicly available CLIP-seq data sets for 111 RBPs from four organisms: human, mouse, worm and yeast. We consistently annotated the CLIP-seq data sets and RBPs, and developed a user-friendly interface for rapid navigation of the CLIP-seq data. We applied a unified computational method to identify transcriptome-wide binding sites, making the binding sites directly comparable and the data available for integration across different CLIP-seq studies. The high-resolution binding sites of the RBPs can be visualized on the whole-genome scale using a browser. In addition, users can browse and download the identified binding sites of all profiled RBPs by querying genes of interest, including both protein coding genes and non-coding RNAs. Manually curated metadata and uniformly identified binding sites of publicly available CLIP-seq data sets will be a foundation for further integrative and comparative analyses. With maintained up-to-date data sets and improved functionality, CLIPdb (http://clipdb.ncrnalab.org) will be a valuable resource for improving the understanding of post-transcriptional regulatory networks. The online version of this article (doi:10.1186/s12864-015-1273-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
8.8
作者：
Weyn-Vanhentenryck SM;Mele A;Yan Q;Sun S;Farny N;Zhang Z;Xue C;Herre M;Silver PA;Zhang MQ;Krainer AR;Darnell RB;Zhang C
通讯作者：
Zhang C
影响因子：
14.9
作者：
Anders G;Mackowiak SD;Jens M;Maaskola J;Kuntzagk A;Rajewsky N;Landthaler M;Dieterich C
通讯作者：
Dieterich C
starBase v2.0：从大规模 CLIP-Seq 数据中解码 miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA 和蛋白质-RNA 相互作用网络
影响因子：
14.9
作者：
Li JH;Liu S;Zhou H;Qu LH;Yang JH
通讯作者：
Yang JH
影响因子：
14.9
作者：
Khorshid M;Rodak C;Zavolan M
通讯作者：
Zavolan M