The PRoteomics IDEntifications (PRIDE) database and associated tools: status in 2013.
The PRoteomics IDEntifications (PRIDE) database and associated tools: status in 2013.
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DOI：
10.1093/nar/gks1262
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hermjakob H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vizcaíno JA;Côté RG;Csordas A;Dianes JA;Fabregat A;Foster JM;Griss J;Alpi E;Birim M;Contell J;O'Kelly G;Schoenegger A;Ovelleiro D;Pérez-Riverol Y;Reisinger F;Ríos D;Wang R;Hermjakob H
欧洲生物信息学研究所的蛋白质组学鉴定(Pride，http://www.ebi.ac.uk/pride))数据库是基于质谱学(MS)的蛋白质组学数据的最重要的数据库之一。在这里，我们概述PROCE数据库和相关工具的最新发展。首先，我们提供了数据内容的最新统计数据，按生物体和物种分组划分数字，包括多肽和蛋白质鉴定以及翻译后修饰。然后，我们描述了作为PARE提交流程的一部分的工具，特别是最近开发的PARE Converter 2(新的提交工具)和Pride Inspector(可视化和分析工具)。我们还给出了在ProteomeXchange联盟的背景下，Pride与其他MS蛋白质组学资源整合的最新情况。最后，我们简要回顾了目前正在进行的质量控制工作，并概述了我们未来的计划。
The PRoteomics IDEntifications (PRIDE, http://www.ebi.ac.uk/pride) database at the European Bioinformatics Institute is one of the most prominent data repositories of mass spectrometry (MS)-based proteomics data. Here, we summarize recent developments in the PRIDE database and related tools. First, we provide up-to-date statistics in data content, splitting the figures by groups of organisms and species, including peptide and protein identifications, and post-translational modifications. We then describe the tools that are part of the PRIDE submission pipeline, especially the recently developed PRIDE Converter 2 (new submission tool) and PRIDE Inspector (visualization and analysis tool). We also give an update about the integration of PRIDE with other MS proteomics resources in the context of the ProteomeXchange consortium. Finally, we briefly review the quality control efforts that are ongoing at present and outline our future plans.
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DOI：
10.1039/c1an15286f
发表时间：
2011-10-07
期刊：
The Analyst
影响因子：
--
作者：
Cui W;Rohrs HW;Gross ML
通讯作者：
Gross ML
影响因子：
3.4
作者：
Griss, Johannes;Reisinger, Florian;Hermjakob, Henning;Vizcaino, Juan Antonio
通讯作者：
Vizcaino, Juan Antonio
影响因子：
14.9
作者：
Hunter S;Jones P;Mitchell A;Apweiler R;Attwood TK;Bateman A;Bernard T;Binns D;Bork P;Burge S;de Castro E;Coggill P;Corbett M;Das U;Daugherty L;Duquenne L;Finn RD;Fraser M;Gough J;Haft D;Hulo N;Kahn D;Kelly E;Letunic I;Lonsdale D;Lopez R;Madera M;Maslen J;McAnulla C;McDowall J;McMenamin C;Mi H;Mutowo-Muellenet P;Mulder N;Natale D;Orengo C;Pesseat S;Punta M;Quinn AF;Rivoire C;Sangrador-Vegas A;Selengut JD;Sigrist CJ;Scheremetjew M;Tate J;Thimmajanarthanan M;Thomas PD;Wu CH;Yeats C;Yong SY
通讯作者：
Yong SY
骄傲：蛋白质组学数据存储库中的质量控制。
DOI：
10.1093/database/bas004
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Csordas A;Ovelleiro D;Wang R;Foster JM;Ríos D;Vizcaíno JA;Hermjakob H
通讯作者：
Hermjakob H
影响因子：
7
作者：
Knowles, David G.;McLysaght, Aoife
通讯作者：
McLysaght, Aoife