SeqKit: A Cross-Platform and Ultrafast Toolkit for FASTA/Q File Manipulation.
SeqKit: A Cross-Platform and Ultrafast Toolkit for FASTA/Q File Manipulation.
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SeqKit：用于 FASTA/Q 文件操作的跨平台超快工具包
DOI：
10.1371/journal.pone.0163962
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Hu F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shen W;Le S;Li Y;Hu F
FASTA和FASTQ是用于存储核苷酸和蛋白质序列的基本且普遍存在的格式。FASTA/Q文件的常见操作包括转换、搜索、过滤、重复数据删除、拆分、混洗和采样。现有的工具只实现了这些操作中的一部分，并且不是特别有效，并且一些仅适用于某些操作系统。此外，所需软件包和运行环境的复杂安装过程可能会使这些程序对用户不那么友好。本文介绍了一个跨平台的超快FASTA/Q处理综合工具包。SeqKit为所有主要操作系统（包括Windows、Linux和Mac OSX）提供可执行二进制文件，并且可以直接使用而无需任何依赖项或预配置。与类似工具相比，SeqKit在执行时间和内存使用方面具有竞争力。SeqKit的效率和可用性使研究人员能够快速完成常见的FASTA/Q文件操作。SeqKit是开源的，可以在Github上获得，网址是https://github.com/shenwei356/seqkit。
FASTA and FASTQ are basic and ubiquitous formats for storing nucleotide and protein sequences. Common manipulations of FASTA/Q file include converting, searching, filtering, deduplication, splitting, shuffling, and sampling. Existing tools only implement some of these manipulations, and not particularly efficiently, and some are only available for certain operating systems. Furthermore, the complicated installation process of required packages and running environments can render these programs less user friendly. This paper describes a cross-platform ultrafast comprehensive toolkit for FASTA/Q processing. SeqKit provides executable binary files for all major operating systems, including Windows, Linux, and Mac OSX, and can be directly used without any dependencies or pre-configurations. SeqKit demonstrates competitive performance in execution time and memory usage compared to similar tools. The efficiency and usability of SeqKit enable researchers to rapidly accomplish common FASTA/Q file manipulations. SeqKit is open source and available on Github at https://github.com/shenwei356/seqkit.
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Quinlan, Aaron R
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