GOATOOLS: A Python library for Gene Ontology analyses.
GOATOOLS: A Python library for Gene Ontology analyses.
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DOI：
10.1038/s41598-018-28948-z
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发表时间：
2018-07-18
影响因子：
4.6
通讯作者：
Tang H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Klopfenstein DV;Zhang L;Pedersen BS;Ramírez F;Warwick Vesztrocy A;Naldi A;Mungall CJ;Yunes JM;Botvinnik O;Weigel M;Dampier W;Dessimoz C;Flick P;Tang H
具有有趣的共享特性的基因列表的生物学解释，例如在特定实验中的上调或下调，通常使用基因本体富集分析工具来完成。给定基因列表，基因本体（GO）富集分析可能在“平坦”列表中返回数百个统计上显著的GO结果，这可能具有总结的挑战性。它也很难跟上快速扩展的生物学知识，这往往导致每天都有超过47，000个描述生物学知识的基因本体发生变化。GOATOOLS是一个基于Python的库，它可以更有效地保持最新的本体和注释，执行基因本体富集分析以确定过度和不足的术语，并使用新的GOATOOLS GO分组方法组织结果以获得更清晰和更容易的解释。我们对随机模拟数据和来自已发表的RNA-seq研究的真实的数据进行了功能分析，以将GOATOOLS的富集结果与其他两种流行的工具：大卫和GOstats进行比较。GOATOOLS可通过GitHub免费获得：https://github.com/tanghaibao/goatools。
The biological interpretation of gene lists with interesting shared properties, such as up- or down-regulation in a particular experiment, is typically accomplished using gene ontology enrichment analysis tools. Given a list of genes, a gene ontology (GO) enrichment analysis may return hundreds of statistically significant GO results in a “flat” list, which can be challenging to summarize. It can also be difficult to keep pace with rapidly expanding biological knowledge, which often results in daily changes to any of the over 47,000 gene ontologies that describe biological knowledge. GOATOOLS, a Python-based library, makes it more efficient to stay current with the latest ontologies and annotations, perform gene ontology enrichment analyses to determine over- and under-represented terms, and organize results for greater clarity and easier interpretation using a novel GOATOOLS GO grouping method. We performed functional analyses on both stochastic simulation data and real data from a published RNA-seq study to compare the enrichment results from GOATOOLS to two other popular tools: DAVID and GOstats. GOATOOLS is freely available through GitHub: https://github.com/tanghaibao/goatools.
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DOI：
10.1038/nri3804
发表时间：
2015-03
期刊：
Nature reviews. Immunology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Blake JA;Eppig JT;Kadin JA;Richardson JE;Smith CL;Bult CJ;the Mouse Genome Database Group
通讯作者：
the Mouse Genome Database Group
影响因子：
3.7
作者：
Supek F;Bošnjak M;Škunca N;Šmuc T
通讯作者：
Šmuc T
DOI：
10.1007/978-1-4939-3743-1_14
发表时间：
2017-01-01
期刊：
GENE ONTOLOGY HANDBOOK
影响因子：
--
作者：
Gaudet, Pascale;Dessimoz, Christophe
通讯作者：
Dessimoz, Christophe
影响因子：
14.9
作者：
Huang, Da Wei;Sherman, Brad T.;Lempicki, Richard A.
通讯作者：
Lempicki, Richard A.