Rough colony morphology of Mycobacterium massiliense Type II genotype is due to the deletion of glycopeptidolipid locus within its genome.
Rough colony morphology of Mycobacterium massiliense Type II genotype is due to the deletion of glycopeptidolipid locus within its genome.
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DOI：
10.1186/1471-2164-14-890
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发表时间：
2013-12-17
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Kim BJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim BJ;Kim BR;Lee SY;Kook YH;Kim BJ
最近，我们介绍了马氏分枝杆菌临床分离株ASAN 50594的全基因组序列，该菌株属于II型，菌落形态粗糙。在这里，我们通过基因组数据库的分析，比较了马氏分枝杆菌ASAN 50594和其他快速生长的分枝杆菌(RGM)菌株的糖肽脂(Gpl)基因座的多态性，以解决马氏分枝杆菌II型的粗集落形态是否由遗传决定的问题。我们在Asan 50594基因组的GPL生物合成相关基因簇中发现了10个基因(24.8kb)的缺失，而在其他光滑的RGM中没有发现缺失。为了检测脓肿分枝杆菌 − 复合株中是否存在gp1生物合成相关基因的缺失，对76株脓肿分枝杆菌临床分离株[54株(Massiliens型：33株，II型：21株)和22株(粗面型：11株，光滑型：11株)]进行了针对12种不同gp1基因的聚合酶链式反应(10个基因在ASAN 50594基因组中缺失，2个保守基因缺失)。在10个缺失的GPL基因中，没有II型菌株产生聚合酶链式反应，提示Massiliense II型菌株基因组中的GPL生物合成基因缺失。我们的数据表明，马氏木霉II型的粗略菌落形态可能是通过GPL基因座上的缺失事件获得的，以适应宿主和病原体之间的进化适应。
Recently, we introduced the complete genome sequence of Mycobacterium massiliense clinical isolates, Asan 50594 belonging to Type II genotype with rough colony morphology. Here, to address the issue of whether the rough colony morphotype of M. massiliense Type II genotype is genetically determined or not, we compared polymorphisms of the glycopeptidolipid (GPL) gene locus between M. massiliense Type II Asan 50594 and other rapidly growing mycobacteria (RGM) strains via analysis of genome databases. We found deletions of 10 genes (24.8 kb), in the GPL biosynthesis related gene cluster of Asan 50594 genome, but no deletions in those of other smooth RGMs. To check the presence of deletions of GPL biosynthesis related genes in Mycobacterium abscessus − complex strains, PCRs targeting 12 different GPL genes (10 genes deleted in Asan 50594 genome as well as 2 conserved genes) were applied into 76 clinical strains of the M. abscessus complex strains [54 strains (Type I: 33, and Type II: 21) of M. massiliense and 22 strains (rough morphoype: 11 and smooth morphotype: 11) of M. abscessus]. No strains of the Type II genotype produced PCR amplicons in a total of 10 deleted GPL genes, suggesting loss of GPL biosynthesis genes in the genome of M. massiliense type II genotype strains. Our data suggested that the rough colony morphotype of the M. massiliense Type II genotype may be acquired via deletion events at the GPL gene locus for evolutionary adaptation between the host and pathogen.
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