ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology.
ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology.
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DOI：
10.1038/nrg2641
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发表时间：
2009-10
期刊：
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通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
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作者：
染色质免疫沉淀后测序（ChIP-Seq）是一种用于DNA结合蛋白质、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析的技术。得益于新一代测序技术的巨大进步，ChIP-Seq与其基于阵列的前代ChIP芯片相比，具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低，ChIP-seq逐步成为研究基因调控和表观遗传机制的一种常用手段.在这篇综述中，我们描述了利用这一技术的好处和挑战，重点是与实验设计和数据分析相关的问题。ChIP-Seq实验产生了大量的数据，有效的计算分析对于揭示生物学机制至关重要。
Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) is a technique for genome-wide profiling of DNA-binding proteins, histone modifications, or nucleosomes. Enabled by the tremendous progress in next-generation sequencing technology, ChIP-Seq offers higher resolution, less noise, and greater coverage than its array-based predecessor ChIP-chip. With the decreasing cost of sequencing, ChIP-Seq has become an indispensable tool for studying gene regulation and epigenetic mechanisms. In this review, we describe the benefits as well as the challenges in harnessing this technique, with an emphasis on issues related to experimental design and data analysis. ChIP-Seq experiments generate large quantities of data, and effective computational analysis will be critical for uncovering biological mechanisms.
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影响因子：
64.5
作者：
Alekseyenko AA;Peng S;Larschan E;Gorchakov AA;Lee OK;Kharchenko P;McGrath SD;Wang CI;Mardis ER;Park PJ;Kuroda MI
通讯作者：
Kuroda MI
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
64.5
作者：
Blat, Y;Kleckner, N
通讯作者：
Kleckner, N
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
14.9
作者：
Barrett T;Troup DB;Wilhite SE;Ledoux P;Rudnev D;Evangelista C;Kim IF;Soboleva A;Tomashevsky M;Marshall KA;Phillippy KH;Sherman PM;Muertter RN;Edgar R
通讯作者：
Edgar R