De Novo Genome Assembly of Auanema Melissensis, a Trioecious Free-Living Nematode.
De Novo Genome Assembly of Auanema Melissensis, a Trioecious Free-Living Nematode.
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DOI：
10.2478/jofnem-2022-0059
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发表时间：
2022-03
影响因子：
1.3
通讯作者：
Pires-daSilva, Andre
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tandonnet, Sophie;Haq, Maairah;Turner, Anisa;Grana, Theresa;Paganopoulou, Panagiota;Adams, Sally;Dhawan, Sandhya;Kanzaki, Natsumi;Nuez, Isabelle;Felix, Marie-Anne;Pires-daSilva, Andre
Auanema 属线虫是研究性别决定机制的有趣模型，因为它们的种群由三种性形态（雄性、雌性和雌雄同体）组成，并产生不平衡的性别比例。在这里，我们介绍该属的一个新的未描述物种，Auanema melissensis n。 sp.，及其核基因组草案。该物种也是三性异株，不会与其他描述的物种 A. rhodensis 或 A. freiburgensis 杂交。与弗赖堡放线菌类似，梅毒放线菌的母体环境影响后代的雌雄同体性别决定。蜜蜂花基因组约为 60 Mb，包含 11,040 个蛋白质编码基因和 8.07% 的重复序列。使用估计的祖先染色体基因含量（Nigon 元素），可以识别假定的 X 染色体支架。
Nematodes of the genus Auanema are interesting models for studying sex determination mechanisms because their populations consist of three sexual morphs (males, females, and hermaphrodites) and produce skewed sex ratios. Here, we introduce a new undescribed species of this genus, Auanema melissensis n. sp., together with its draft nuclear genome. This species is also trioecious and does not cross with the other described species A. rhodensis or A. freiburgensis. Similar to A. freiburgensis, A. melissensis’ maternal environment influences the hermaphrodite versus female sex determination of the offspring. The genome of A. melissensis is ~60 Mb, containing 11,040 protein-coding genes and 8.07% of repeat sequences. Using the estimated ancestral chromosomal gene content (Nigon elements), it was possible to identify putative X chromosome scaffolds.
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DOI：
10.1093/g3journal/jkaa020
发表时间：
2021-01-18
期刊：
G3 (Bethesda, Md.)
影响因子：
--
作者：
Gonzalez de la Rosa PM;Thomson M;Trivedi U;Tracey A;Tandonnet S;Blaxter M
通讯作者：
Blaxter M
影响因子：
14.9
作者：
Kriventseva EV;Kuznetsov D;Tegenfeldt F;Manni M;Dias R;Simão FA;Zdobnov EM
通讯作者：
Zdobnov EM
影响因子：
5.4
作者：
Robles P;Turner A;Zuco G;Adams S;Paganopolou P;Winton M;Hill B;Kache V;Bateson C;Pires-daSilva A
通讯作者：
Pires-daSilva A
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp348
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T
影响因子：
4.6
作者：
Chaudhuri J;Bose N;Tandonnet S;Adams S;Zuco G;Kache V;Parihar M;von Reuss SH;Schroeder FC;Pires-daSilva A
通讯作者：
Pires-daSilva A