Bind-n-Seq: high-throughput analysis of in vitro protein-DNA interactions using massively parallel sequencing.
Bind-n-Seq: high-throughput analysis of in vitro protein-DNA interactions using massively parallel sequencing.
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DOI：
10.1093/nar/gkp802
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发表时间：
2009-12
影响因子：
14.9
通讯作者：
Segal DJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zykovich A;Korf I;Segal DJ
转录因子-DNA相互作用是生物学中最重要的过程之一，因为它们直接控制遗传信息。大多数转录因子的靶标都是未知的。在这份报告中，我们介绍了Bind-n-Seq，一种新的高通量分析蛋白质-DNA相互作用的方法，与现有方法相比具有几个优点。该程序包括三个步骤(I)将蛋白质与随机的寡核苷酸DNA靶标结合，(Ii)用大规模平行技术对结合的寡核苷酸进行测序，以及(Iii)在序列中寻找基序。用这种方法确定的两个特征良好的锌指蛋白的DNA结合域的从头结合基序与前面描述的相似。此外，蛋白质对特定DNA序列的相对亲和力的计算与以前的研究显著相关(R2=0.9)。这些结果表明，Bind-n-Seq是一种快速、并行的体外结合位点和相对亲和力测定方法。
Transcription factor–DNA interactions are some of the most important processes in biology because they directly control hereditary information. The targets of most transcription factor are unknown. In this report, we introduce Bind-n-Seq, a new high-throughput method for analyzing protein–DNA interactions in vitro, with several advantages over current methods. The procedure has three steps (i) binding proteins to randomized oligonucleotide DNA targets, (ii) sequencing the bound oligonucleotide with massively parallel technology and (iii) finding motifs among the sequences. De novo binding motifs determined by this method for the DNA-binding domains of two well-characterized zinc-finger proteins were similar to those described previously. Furthermore, calculations of the relative affinity of the proteins for specific DNA sequences correlated significantly with previous studies (R2 = 0.9). These results present Bind-n-Seq as a highly rapid and parallel method for determining in vitro binding sites and relative affinities.
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DOI：
10.1126/science.1162327
发表时间：
2009-06-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Badis G;Berger MF;Philippakis AA;Talukder S;Gehrke AR;Jaeger SA;Chan ET;Metzler G;Vedenko A;Chen X;Kuznetsov H;Wang CF;Coburn D;Newburger DE;Morris Q;Hughes TR;Bulyk ML
通讯作者：
Bulyk ML
影响因子：
46.9
作者：
Meng, XD;Brodsky, MH;Wolfe, SA
通讯作者：
Wolfe, SA
影响因子：
46.9
作者：
Berger, Michael F.;Philippakis, Anthony A.;Bulyk, Martha L.
通讯作者：
Bulyk, Martha L.
影响因子：
46.9
作者：
Roulet, E;Busso, S;Bucher, P
通讯作者：
Bucher, P
TransFac及其模块移植：真核生物中的转录基因调节。
影响因子：
14.9
作者：
Matys V;Kel-Margoulis OV;Fricke E;Liebich I;Land S;Barre-Dirrie A;Reuter I;Chekmenev D;Krull M;Hornischer K;Voss N;Stegmaier P;Lewicki-Potapov B;Saxel H;Kel AE;Wingender E
通讯作者：
Wingender E