MultiQC: summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report.
MultiQC: summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btw354
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发表时间：
2016-10-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Käller M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ewels P;Magnusson M;Lundin S;Käller M
动机：快速准确的质量控制对于涉及下一代测序数据的研究至关重要。虽然有许多工具可以量化QC指标，但没有通用的方法可以跨工具和大型样本集灵活地集成这些指标。在整个项目中评估分析结果可能非常耗时且容易出错;在分析的早期阶段，批次效应和离群值样本很容易被遗漏。结果如下：我们介绍了MultiQC，这是一种工具，可以创建一个单一的报告，将多个工具在许多样本中的输出可视化，从而快速识别全球趋势和偏差。MultiQC可以绘制来自许多常见生物信息学工具的数据，并且可以轻松扩展和定制。可用性和实现：MultiQC在GitHub、Python包索引和Bioconda上以GNU GPLv 3许可证提供。文档和示例报告可在http://multiqc.info上获得联系人：phil. scilifelab.se
Motivation: Fast and accurate quality control is essential for studies involving next-generation sequencing data. Whilst numerous tools exist to quantify QC metrics, there is no common approach to flexibly integrate these across tools and large sample sets. Assessing analysis results across an entire project can be time consuming and error prone; batch effects and outlier samples can easily be missed in the early stages of analysis. Results: We present MultiQC, a tool to create a single report visualising output from multiple tools across many samples, enabling global trends and biases to be quickly identified. MultiQC can plot data from many common bioinformatics tools and is built to allow easy extension and customization. Availability and implementation: MultiQC is available with an GNU GPLv3 license on GitHub, the Python Package Index and Bioconda. Documentation and example reports are available at http://multiqc.info Contact: phil.ewels@scilifelab.se
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DOI：
10.1038/nrg3788
发表时间：
2014-11
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.8
作者：
Wang, Liguo;Wang, Shengqin;Li, Wei
通讯作者：
Li, Wei
QualiMap 2：高通量测序数据的高级多样本质量控制。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv566
发表时间：
2016-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Okonechnikov K;Conesa A;García-Alcalde F
通讯作者：
García-Alcalde F
影响因子：
12.3
作者：
Taub, Margaret A.;Bravo, Hector Corrada;Irizarry, Rafael A.
通讯作者：
Irizarry, Rafael A.