Epigenetic and Transcriptomic Profiling of Mammary Gland Development and Tumor Models Disclose Regulators of Cell State Plasticity.
Epigenetic and Transcriptomic Profiling of Mammary Gland Development and Tumor Models Disclose Regulators of Cell State Plasticity.
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DOI：
10.1016/j.ccell.2018.08.001
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发表时间：
2018-09-10
期刊：
影响因子：
50.3
通讯作者：
Wahl GM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dravis C;Chung CY;Lytle NK;Herrera-Valdez J;Luna G;Trejo CL;Reya T;Wahl GM
肿瘤进展过程中的细胞状态重编程使准确诊断复杂化，损害治疗效果，并促进转移性扩散。我们在乳腺发育过程中使用染色质可及性测定和转录谱分析作为一种不可知的方法来鉴定介导癌细胞状态相互转换的因素。我们发现，胎儿和成人基底细胞共享表观遗传特征与多谱系分化潜力一致。我们发现SOX转录因子的DNA结合基序在染色质中富集，这在干/祖细胞中是可接近的，在分化细胞中是不可接近的。在小鼠和人类肿瘤中，SOX 10表达与干/祖细胞身份、去分化和侵袭性特征相关。引人注目的是，我们证明了SOX 10与调节神经嵴细胞身份的基因结合，并且SOX 10阳性肿瘤细胞表现出神经嵴细胞的特征。
Cell state reprogramming during tumor progression complicates accurate diagnosis, compromises therapeutic effectiveness, and fuels metastatic dissemination. We used chromatin accessibility assays and transcriptional profiling during mammary development as an agnostic approach to identify factors that mediate cancer cell state interconversions. We show that fetal and adult basal cells share epigenetic features consistent with multi-lineage differentiation potential. We find that DNA-binding motifs for SOX transcription factors are enriched in chromatin that is accessible in stem/progenitor cells and inaccessible in differentiated cells. In both mouse and human tumors, SOX10 expression correlates with stem/progenitor identity, de-differentiation, and invasive characteristics. Strikingly, we demonstrate that SOX10 binds to genes that regulate neural crest cell identity, and that SOX10-positive tumor cells exhibit neural crest cell features.
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DOI：
10.1083/jcb.200912142
发表时间：
2010-05-17
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Finzsch M;Schreiner S;Kichko T;Reeh P;Tamm ER;Bösl MR;Meijer D;Wegner M
通讯作者：
Wegner M
影响因子：
12.3
作者：
Bao X;Rubin AJ;Qu K;Zhang J;Giresi PG;Chang HY;Khavari PA
通讯作者：
Khavari PA
影响因子：
7.3
作者：
Gao J;Aksoy BA;Dogrusoz U;Dresdner G;Gross B;Sumer SO;Sun Y;Jacobsen A;Sinha R;Larsson E;Cerami E;Sander C;Schultz N
通讯作者：
Schultz N
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp101
发表时间：
2009-04-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Bindea G;Mlecnik B;Hackl H;Charoentong P;Tosolini M;Kirilovsky A;Fridman WH;Pagès F;Trajanoski Z;Galon J
通讯作者：
Galon J
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK