Enriching for orthologs increases support for Xenacoelomorpha and Ambulacraria sister relationship
Enriching for orthologs increases support for Xenacoelomorpha and Ambulacraria sister relationship
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丰富直向同源物增加了对 Xenacoelomorpha 和 Ambulacaria 姐妹关系的支持
DOI：
10.1101/2021.12.13.472462
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mulhair P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mulhair P
研究将一组包含异锥虫和无腔形动物的双侧无脊椎动物，异腔形动物，作为最初出现的双侧门1，2，3，4，5，6或在后口门内，与Ambulacraria姐妹。7，8，9，10，11尽管它们作为双侧门其余部分的姐妹的位置支持祖先双侧门中相对简单的形态，它们在后口门中的替代位置表明，在异形门中，形态上复杂的祖先两侧沿着，并伴随着主要表型性状的广泛丧失。最近的研究质疑是否应将Deuterostomia视为单系。10，12，13隐藏的旁系和系统发育信号差是重建物种的主要挑战。14，15，16，17，18在这里，我们评估这些问题是否导致了对Xenacoelomorpha的位置的冲突。我们重新分析了已发表的数据集，丰富了其基因树支持动物树中其他地方的良好解决的氏族的正群。16我们发现，以前发表的数据集中的大多数基因违反了不可否认的氏族，这表明隐藏的旁系和低系统发育信号影响了在动物树的深层节点重建分支模式的能力。我们证明，删除orthoggroups，不能概括不稳定的关系改变了最终的拓扑推断，同时提高了模型的数据拟合。我们发现增加，但最终没有决定性的，支持存在的Xenambulacraria在我们的一组过滤orthogroups。在我们正朝着对地球上所有生命进行测序的方向前进的时候，我们认为，生命树中长期存在的争议问题将通过使用更少量、质量更好、可以充分建模的数据来解决。
Conflicting studies place a group of bilaterian invertebrates containing xenoturbellids and acoelomorphs, the Xenacoelomorpha, as either the primary emerging bilaterian phylum1,2,3,4,5,6or within Deuterostomia, sister to Ambulacraria.7,8,9,10,11Although their placement as sister to the rest of Bilateria supports relatively simple morphology in the ancestral bilaterian, their alternative placement within Deuterostomia suggests a morphologically complex ancestral bilaterian along with extensive loss of major phenotypic traits in the Xenacoelomorpha. Recent studies have questioned whether Deuterostomia should be considered monophyletic at all.10,12,13Hidden paralogy and poor phylogenetic signal present a major challenge for reconstructing species phylogenies.14,15,16,17,18Here, we assess whether these issues have contributed to the conflict over the placement of Xenacoelomorpha. We reanalyzed published datasets, enriching for orthogroups whose gene trees support well-resolved clans elsewhere in the animal tree.16We find that most genes in previously published datasets violate incontestable clans, suggesting that hidden paralogy and low phylogenetic signal affect the ability to reconstruct branching patterns at deep nodes in the animal tree. We demonstrate that removing orthogroups that cannot recapitulate incontestable relationships alters the final topology that is inferred, while simultaneously improving the fit of the model to the data. We discover increased, but ultimately not conclusive, support for the existence of Xenambulacraria in our set of filtered orthogroups. At a time when we are progressing toward sequencing all life on the planet, we argue that long-standing contentious issues in the tree of life will be resolved using smaller amounts of better quality data that can be modeled adequately.19
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影响因子：
9.2
作者：
Feuda, Roberto;Dohrmann, Martin;Pisani, Davide
通讯作者：
Pisani, Davide
缺乏对 Deuterostomia 的支持促使重新解释第一个 Bilateria
DOI：
10.1101/2020.07.01.182915
发表时间：
2020
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
Kapli P
通讯作者：
Kapli P
影响因子：
6.5
作者：
Brown, Jeremy M.;Thomson, Robert C.
通讯作者：
Thomson, Robert C.
影响因子：
64.8
作者：
Philippe, Herve;Brinkmann, Henner;Copley, Richard R.;Moroz, Leonid L.;Nakano, Hiroaki;Poustka, Albert J.;Wallberg, Andreas;Peterson, Kevin J.;Telford, Maximilian J.
通讯作者：
Telford, Maximilian J.
Acoelomorpha：最早的分支两侧对称动物或后口动物？
影响因子：
1.6
作者：
Iñaki Ruiz;Jordi Paps
通讯作者：
Jordi Paps