Long-read genome assemblies for the study of chromosome expansion: Drosophila kikkawai, Drosophila takahashii, Drosophila bipectinata, and Drosophila ananassae.
Long-read genome assemblies for the study of chromosome expansion: Drosophila kikkawai, Drosophila takahashii, Drosophila bipectinata, and Drosophila ananassae.
复制标题
DOI：
10.1093/g3journal/jkad191
复制
发表时间：
2023-09-30
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ellison CE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Leung W;Torosin N;Cao W;Reed LK;Arrigo C;Elgin SCR;Ellison CE
流式细胞术对不同种类果蝇基因组大小的估计显示出3倍的差异，从巯基果蝇的~ 127 Mb到胞瘤果蝇的~ 400 Mb不等。然而，Muller F元件的组装部分（与果蝇的第4条染色体同源）在大小上显示出近14倍的差异，范围从1.3 Mb到bb0 18 Mb。在这里，我们展示了4种果蝇物种的染色体水平长读基因组组装，其扩展的F元件的大小范围从2.3 Mb到20.5 Mb。每个Muller元件在每个组装中作为单个支架存在。这些组合将使人们对染色体大小扩展的进化原因和后果有新的认识。
Flow cytometry estimates of genome sizes among species of Drosophila show a 3-fold variation, ranging from ∼127 Mb in Drosophila mercatorum to ∼400 Mb in Drosophila cyrtoloma. However, the assembled portion of the Muller F element (orthologous to the fourth chromosome in Drosophila melanogaster) shows a nearly 14-fold variation in size, ranging from ∼1.3 Mb to >18 Mb. Here, we present chromosome-level long-read genome assemblies for 4 Drosophila species with expanded F elements ranging in size from 2.3 to 20.5 Mb. Each Muller element is present as a single scaffold in each assembly. These assemblies will enable new insights into the evolutionary causes and consequences of chromosome size expansion.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.8
作者：
Clark, Andrew G.;Eisen, Michael B.;MacCallum, Iain
通讯作者：
MacCallum, Iain
影响因子：
3.3
作者：
Finet C;Kassner VA;Carvalho AB;Chung H;Day JP;Day S;Delaney EK;De Ré FC;Dufour HD;Dupim E;Izumitani HF;Gautério TB;Justen J;Katoh T;Kopp A;Koshikawa S;Longdon B;Loreto EL;Nunes MDS;Raja KKB;Rebeiz M;Ritchie MG;Saakyan G;Sneddon T;Teramoto M;Tyukmaeva V;Vanderlinde T;Wey EE;Werner T;Williams TM;Robe LJ;Toda MJ;Marlétaz F
通讯作者：
Marlétaz F
影响因子：
3.3
作者：
Gramates LS;Agapite J;Attrill H;Calvi BR;Crosby MA;Dos Santos G;Goodman JL;Goutte-Gattat D;Jenkins VK;Kaufman T;Larkin A;Matthews BB;Millburn G;Strelets VB;the FlyBase Consortium
通讯作者：
the FlyBase Consortium
影响因子：
4.4
作者：
Klasson, Lisa;Kumar, Nikhil;Hotopp, Julie C. Dunning
通讯作者：
Hotopp, Julie C. Dunning
影响因子：
2.6
作者：
Challis, Richard;Richards, Edward;Blaxter, Mark
通讯作者：
Blaxter, Mark