PhyloCore: A phylogenetic approach to identifying core taxa in microbial communities.
PhyloCore: A phylogenetic approach to identifying core taxa in microbial communities.
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DOI：
10.1016/j.gene.2016.08.032
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发表时间：
2016-11-30
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
Wu M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ren T;Wu M
鉴定核心微生物群是了解微生物群落关键组成部分的重要步骤。传统的在OTU水平上识别核心类群的方法忽略了高阶类群潜在的生态一致性。有必要开发软件，可以系统地识别核心分类群在物种水平和高于物种水平。在这里，我们开发了PhyloCore，这是一个应用程序，它使用基于系统发育的算法在适当的分类水平上识别核心分类群。它集成了许多功能，用户可以根据自己的需要进行设置。使用多种肠道菌群作为测试用例，我们证明了PhyloCore比基于otu的方法更强大和灵活。PhyloCore是一个灵活、快速的应用程序，可以在适当的分类水平上识别核心分类群，使其在基于序列的微生物生态学研究中非常有用。该软件可在http://wolbachia.biology.virginia.edu/WuLab/Software.html免费获得
Identifying core microbiota is an important step for understanding the key components of microbial communities. Traditional approach that identifies core taxa at the OTU level ignores potential ecological coherence of higher rank taxa. There is a need to develop software that can systematically identify core taxa at and above the species level. Here we developed PhyloCore, an application that uses a phylogeny-based algorithm to identify core taxa at the proper taxonomic levels. It incorporates a number of features that users can set according to their needs. Using multiple gut microbiota as test cases, we demonstrate that PhyloCore is more powerful and flexible than OTU-based approaches. PhyloCore is a flexible and fast application that identifies core taxa at proper taxonomic levels, making it useful to sequence-based microbial ecology studies. The software is freely available at http://wolbachia.biology.virginia.edu/WuLab/Software.html
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