Growth phase proteomics of the heterotrophic marine bacterium Ruegeria pomeroyi
Growth phase proteomics of the heterotrophic marine bacterium Ruegeria pomeroyi
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异养海洋细菌 Ruegeria pomeroyi 的生长期蛋白质组学
DOI：
10.1038/s41597-019-0308-y
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Nunn, Brook L.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Krayushkina, Dasha;Timmins-Schiffman, Emma;Faux, Jessica;May, Damon H.;Riffle, Michael;Harvey, H. Rodger;Nunn, Brook L.
在环境现实的碳条件下，实验培养了异养海洋细菌，Ruegeria pomeroyi，并添加了示踪剂水平的13 C-标记的亮氨酸，以跟踪细菌蛋白质的生物合成通过生长阶段。这些方法的组合允许观察实时细菌蛋白质生产，以了解不同生长阶段的代谢优先级。在每个实验培养物中从指数生长期和静止生长期鉴定出超过2000种蛋白质。在加入13 C标记的亮氨酸后的两小时内，苹果红酵母显著地将新遇到的底物同化成新的蛋白质。该数据集为了解世界性海洋细菌的分子生理学生长阶段差异提供了基本基线。
The heterotrophic marine bacterium,Ruegeria pomeroyi, was experimentally cultured under environmentally realistic carbon conditions and with a tracer-level addition of13C-labeled leucine to track bacterial protein biosynthesis through growth phases. A combination of methods allowed observation of real-time bacterial protein production to understand metabolic priorities through the different growth phases. Over 2000 proteins were identified in each experimental culture from exponential and stationary growth phases. Within two hours of the13C-labeled leucine addition,R.pomeroyisignificantly assimilated the newly encountered substrate into new proteins. This dataset provides a fundamental baseline for understanding growth phase differences in molecular physiology of a cosmopolitan marine bacterium.
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