Evaluation of a multicore-optimized implementation for tomographic reconstruction.
Evaluation of a multicore-optimized implementation for tomographic reconstruction.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0048261
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Fernández JJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Agulleiro JI;Fernández JJ
断层摄影术允许从一组投影图像阐明对象的三维结构。在生命科学中，电子显微镜断层扫描以几纳米的分辨率提供有关细胞结构的宝贵信息。这里，需要大图像来将宽视场与高分辨率要求结合联合收割机。算法的计算复杂性沿着大的图像尺寸，然后将断层摄影重建变成计算上要求高的问题。传统上，高性能计算技术已经被应用于科普对超级计算机、分布式系统和计算机集群的这种需求。在过去的几年里，趋势已经转向图形处理单元（GPU）。在这里，我们提出了一个详细的描述和一个彻底的评估的替代方法，依赖于利用现代多核计算机中可用的电源。单核代码优化、矢量处理、多线程和高效磁盘I/O操作的组合成功地在标准计算机上提供快速断层重建。事实证明，这种方法与迄今为止最快的基于GPU的解决方案相比具有竞争力。
Tomography allows elucidation of the three-dimensional structure of an object from a set of projection images. In life sciences, electron microscope tomography is providing invaluable information about the cell structure at a resolution of a few nanometres. Here, large images are required to combine wide fields of view with high resolution requirements. The computational complexity of the algorithms along with the large image size then turns tomographic reconstruction into a computationally demanding problem. Traditionally, high-performance computing techniques have been applied to cope with such demands on supercomputers, distributed systems and computer clusters. In the last few years, the trend has turned towards graphics processing units (GPUs). Here we present a detailed description and a thorough evaluation of an alternative approach that relies on exploitation of the power available in modern multicore computers. The combination of single-core code optimization, vector processing, multithreading and efficient disk I/O operations succeeds in providing fast tomographic reconstructions on standard computers. The approach turns out to be competitive with the fastest GPU-based solutions thus far.
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影响因子：
2.2
作者：
Agulleiro, J. I.;Vazquez, F.;Fernandez, J. J.
通讯作者：
Fernandez, J. J.
影响因子：
3.7
作者：
Badia-Martinez, Daniel;Peralta, Bibiana;Abrescia, Nicola G. A.
通讯作者：
Abrescia, Nicola G. A.
DOI：
10.1177/1094342010370575
发表时间：
2010-11-01
影响因子：
3.1
作者：
Cecilia Fritzsche, Paula;Fernandez, Jose-Jesus;Luque, Emilio
通讯作者：
Luque, Emilio
影响因子：
56.9
作者：
Grünewald, K;Desai, P;Steven, AC
通讯作者：
Steven, AC
DOI：
10.1073/pnas.1115719109
发表时间：
2012-03-06
影响因子：
11.1
作者：
Briegel, Ariane;Li, Xiaoxiao;Crane, Brian R.
通讯作者：
Crane, Brian R.