Current state of genome-scale modeling in filamentous fungi.
Current state of genome-scale modeling in filamentous fungi.
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DOI：
10.1007/s10529-015-1782-8
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发表时间：
2015-06
影响因子：
2.7
通讯作者：
Andersen, Mikael R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brandl, Julian;Andersen, Mikael R.
丝状真菌组包含用于酸、抗生素和酶生产的工业生物技术中的重要物种。它们独特的生活方式使这些生物体成为新的天然产物和生物质降解酶的宝贵基因库，这些酶尚未被充分利用。将新菌株开发成可行的工业宿主的主要瓶颈之一是改变代谢以达到最佳生产。基因组规模的模型承诺减少代谢工程所需的时间，通过在体内测试之前预测最有效的靶标。操纵丝状真菌的高质量模型和分子生物学工具的日益可用性使得这些真菌工厂的模型指导工程与全面的代谢网络成为可能。一个典型的真菌模型平均包含1138个独特的代谢反应和1050个ORF，使其成为真菌代谢的巨大知识库。在本综述中，我们专注于丝状真菌的基因组规模模型的现状以及潜在的未来应用。
The group of filamentous fungi contains important species used in industrial biotechnology for acid, antibiotics and enzyme production. Their unique lifestyle turns these organisms into a valuable genetic reservoir of new natural products and biomass degrading enzymes that has not been used to full capacity. One of the major bottlenecks in the development of new strains into viable industrial hosts is the alteration of the metabolism towards optimal production. Genome-scale models promise a reduction in the time needed for metabolic engineering by predicting the most potent targets in silico before testing them in vivo. The increasing availability of high quality models and molecular biological tools for manipulating filamentous fungi renders the model-guided engineering of these fungal factories possible with comprehensive metabolic networks. A typical fungal model contains on average 1138 unique metabolic reactions and 1050 ORFs, making them a vast knowledge-base of fungal metabolism. In the present review we focus on the current state as well as potential future applications of genome-scale models in filamentous fungi.
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