A filtering method to generate high quality short reads using illumina paired-end technology.
A filtering method to generate high quality short reads using illumina paired-end technology.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0066643
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Sogin ML
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eren AM;Vineis JH;Morrison HG;Sogin ML
独立读数之间的共识提高了基因组和转录组分析的准确性，然而，宏基因组研究中非常相似的序列之间缺乏共识可以而且通常确实代表了生物学意义的自然变异。在下一代平台上普遍使用机器分配的质量分数并不一定与准确性相关。在这里，我们描述了使用双端短序列读数的重叠来识别标记基因分析中容易出错的读数，以及使用 QIIME 进行聚类分析后它们对虚假 OTU 的贡献。我们的方法还可以减少由具有小且严格限制的插入片段大小的文库生成的鸟枪法测序数据中的错误。该算法在 Python 编程语言中的开源实现以及用户指令可以从 https://github.com/meren/Illumina-utils 获得。
Consensus between independent reads improves the accuracy of genome and transcriptome analyses, however lack of consensus between very similar sequences in metagenomic studies can and often does represent natural variation of biological significance. The common use of machine-assigned quality scores on next generation platforms does not necessarily correlate with accuracy. Here, we describe using the overlap of paired-end, short sequence reads to identify error-prone reads in marker gene analyses and their contribution to spurious OTUs following clustering analysis using QIIME. Our approach can also reduce error in shotgun sequencing data generated from libraries with small, tightly constrained insert sizes. The open-source implementation of this algorithm in Python programming language with user instructions can be obtained from https://github.com/meren/illumina-utils.
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影响因子：
3
作者：
Masella AP;Bartram AK;Truszkowski JM;Brown DG;Neufeld JD
通讯作者：
Neufeld JD
影响因子：
5.1
作者：
Huse SM;Welch DM;Morrison HG;Sogin ML
通讯作者：
Sogin ML
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp636
发表时间：
2010-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Caporaso JG;Bittinger K;Bushman FD;DeSantis TZ;Andersen GL;Knight R
通讯作者：
Knight R
影响因子：
5.8
作者：
Edgar, Robert C.
通讯作者：
Edgar, Robert C.
影响因子：
48
作者：
Bokulich, Nicholas A.;Subramanian, Sathish;Faith, Jeremiah J.;Gevers, Dirk;Gordon, Jeffrey I.;Knight, Rob;Mills, David A.;Caporaso, J. Gregory
通讯作者：
Caporaso, J. Gregory