The function of communities in protein interaction networks at multiple scales.
The function of communities in protein interaction networks at multiple scales.
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DOI：
10.1186/1752-0509-4-100
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发表时间：
2010-07-22
影响因子：
--
通讯作者：
Deane CM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lewis AC;Jones NS;Porter MA;Deane CM
如果生物学是模块化的，那么仅使用蛋白质相互作用网络结构衍生的蛋白质的集群或社区应该定义具有相似生物学作用的蛋白质模块。我们调查的生物模块和网络社区之间的联系，在酵母和它的关系，我们探测网络的规模。我们的研究结果表明，社区的功能同质性取决于所选择的规模，几乎所有的蛋白质都存在于一个功能同质的社区在一定的规模。我们判断功能同质性使用一种新的测试和三个独立的蛋白质功能的表征，并发现这些措施之间的高度重叠。我们发现，一个社区的高平均聚类系数可以用来识别那些功能同质的。通过跟踪社区成员的蛋白质，通过多个尺度，我们展示了我们的方法如何可能是有用的生物学家专注于一个特定的蛋白质。我们发现，有没有一个规模感兴趣的酵母蛋白质相互作用网络的社区结构，但我们可以确定的范围内的分辨率参数，产生功能最连贯的社区，并预测哪些社区最有可能是功能同质的。
If biology is modular then clusters, or communities, of proteins derived using only protein interaction network structure should define protein modules with similar biological roles. We investigate the link between biological modules and network communities in yeast and its relationship to the scale at which we probe the network. Our results demonstrate that the functional homogeneity of communities depends on the scale selected, and that almost all proteins lie in a functionally homogeneous community at some scale. We judge functional homogeneity using a novel test and three independent characterizations of protein function, and find a high degree of overlap between these measures. We show that a high mean clustering coefficient of a community can be used to identify those that are functionally homogeneous. By tracing the community membership of a protein through multiple scales we demonstrate how our approach could be useful to biologists focusing on a particular protein. We show that there is no one scale of interest in the community structure of the yeast protein interaction network, but we can identify the range of resolution parameters that yield the most functionally coherent communities, and predict which communities are most likely to be functionally homogeneous.
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