Single-Molecule Methods for Nucleotide Excision Repair: Building a System to Watch Repair in Real Time.
Single-Molecule Methods for Nucleotide Excision Repair: Building a System to Watch Repair in Real Time.
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DOI：
10.1016/bs.mie.2017.03.027
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发表时间：
2017
影响因子：
--
通讯作者：
Van Houten B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kong M;Beckwitt EC;Springall L;Kad NM;Van Houten B
解决生物物理问题的单分子方法是一种强大的工具，可以在没有整体平均效应的情况下对感兴趣的特定分子相互作用进行静态和动态实时观察。在这里，我们提供了详细的协议，建立一个实验系统，采用原子力显微镜和单分子DNA钢丝测定的基础上斜角照明荧光显微镜。连同工程位点特异性病变到DNA底物的方法，这些互补的生物物理技术非常适合于研究蛋白质-DNA相互作用，涉及靶特异性DNA结合蛋白，如那些从事各种DNA修复途径。在这一章中，我们展示了该平台的实用性，通过应用这些技术在蛋白质参与核苷酸切除修复的研究。
Single-molecule approaches to solving biophysical problems are powerful tools that allow static and dynamic real-time observations of specific molecular interactions of interest in the absence of ensemble-averaging effects. Here, we provide detailed protocols for building an experimental system that employs atomic force microscopy and a single-molecule DNA tightrope assay based on oblique angle illumination fluorescence microscopy. Together with approaches for engineering site-specific lesions into DNA substrates, these complementary biophysical techniques are well suited for investigating protein–DNA interactions that involve target-specific DNA-binding proteins, such as those engaged in a variety of DNA repair pathways. In this chapter, we demonstrate the utility of the platform by applying these techniques in the studies of proteins participating in nucleotide excision repair.
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