Genetic Spectrum and Distinct Evolution Patterns of SARS-CoV-2.
Genetic Spectrum and Distinct Evolution Patterns of SARS-CoV-2.
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DOI：
10.3389/fmicb.2020.593548
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发表时间：
2020
影响因子：
5.2
通讯作者：
Wan J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu S;Shen J;Fang S;Li K;Liu J;Yang L;Hu CD;Wan J
在超过 28,000 个高质量和高覆盖率的 SARS-CoV-2 完整基因组序列中鉴定出四个频繁出现的单核苷酸变异 (SNV) 特征组，代表不同的病毒株。一些 SNV 占主导地位，但在来自不同国家和地区的患者中相互排斥。随着时间的推移，这些主要的 SNV 特征表现出明显的演变模式。数百名患者同时检测到多种代表病毒株的突变，这可能代表环境中或病毒宿主内可能存在 SARS-CoV-2 的共同感染或潜在的同质重组。有趣的是，SARS-CoV-2 基因组中的核苷酸替换倾向于在蝙蝠 RaTG13 冠状病毒序列和武汉-Hu-1 基因组之间切换，表明这些位点具有更高的遗传不稳定性或对突变的耐受性，或者表明武汉-Hu-1 和 RaTG13 冠状病毒之间可能存在主要病毒株。
Four signature groups of frequently occurred single-nucleotide variants (SNVs) were identified in over twenty-eight thousand high-quality and high-coverage SARS-CoV-2 complete genome sequences, representing different viral strains. Some SNVs predominated but were mutually exclusively presented in patients from different countries and areas. These major SNV signatures exhibited distinguishable evolution patterns over time. A few hundred patients were detected with multiple viral strain-representing mutations simultaneously, which may stand for possible co-infection or potential homogenous recombination of SARS-CoV-2 in environment or within the viral host. Interestingly nucleotide substitutions among SARS-CoV-2 genomes tended to switch between bat RaTG13 coronavirus sequence and Wuhan-Hu-1 genome, indicating the higher genetic instability or tolerance of mutations on those sites or suggesting that major viral strains might exist between Wuhan-Hu-1 and RaTG13 coronavirus.
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影响因子：
28.3
作者：
Gorbalenya, Alexander E.;Baker, Susan C.;Ziebuhr, John
通讯作者：
Ziebuhr, John
影响因子：
8.8
作者：
Eikenberry, Steffen E.;Mancuso, Marina;Gumel, Abba B.
通讯作者：
Gumel, Abba B.
DOI：
10.1001/jama.2020.7869
发表时间：
2020-06-09
期刊：
JAMA
影响因子：
--
作者：
Kirkcaldy RD;King BA;Brooks JT
通讯作者：
Brooks JT
影响因子：
8.4
作者：
Eaaswarkhanth, Muthukrishnan;Madhoun, Ashraf Al;Al-Mulla, Fahd
通讯作者：
Al-Mulla, Fahd
影响因子：
6.4
作者：
Chen, Shuaiyin;Zheng, Xin;Duan, Guangcai
通讯作者：
Duan, Guangcai