Physics-based protein structure refinement through multiple molecular dynamics trajectories and structure averaging.
Physics-based protein structure refinement through multiple molecular dynamics trajectories and structure averaging.
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DOI：
10.1002/prot.24336
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发表时间：
2014-02
影响因子：
2.9
通讯作者：
Feig, Michael
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mirjalili, Vahid;Noyes, Keenan;Feig, Michael
我们使用分子动力学 (MD) 模拟来细化 CASP10 靶标的结构。通过从基于 MD 的集成中选择结构，然后进行结构平均来实现细化。描述了该方法在 CASP10 中的整体性能，并详细分析了具体方面，以深入了解关键组件。特别是，详细讨论了不同约束类型的使用、多个短模拟与单个长模拟的采样、质量评估标准的成功、评分与平均的应用以及最终细化步骤的影响。
We used molecular dynamics (MD) simulations for structure refinement of CASP10 targets. Refinement was achieved by selecting structures from the MD-based ensembles followed by structural averaging. The overall performance of this method in CASP10 is described and specific aspects are analyzed in detail to provide insight into key components. In particular, the use of different restraint types, sampling from multiple short simulations vs. a single long simulation, the success of a quality assessment criterion, the application of scoring vs. averaging, and the impact of a final refinement step are discussed in detail.
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通过分子动力学系综的结构选择和平均来细化蛋白质结构。
影响因子：
5.5
作者：
Mirjalili, Vahid;Feig, Michael
通讯作者：
Feig, Michael
影响因子：
5.5
作者：
Best, Robert B.;Zhu, Xiao;Shim, Jihyun;Lopes, Pedro E. M.;Mittal, Jeetain;Feig, Michael;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
DOI：
10.1073/pnas.0810818105
发表时间：
2008-12-23
影响因子：
11.1
作者：
Chopra, Gaurav;Summa, Christopher M.;Levitt, Michael
通讯作者：
Levitt, Michael
影响因子：
2.9
作者：
Bhattacharya, Debswapna;Cheng, Jianlin
通讯作者：
Cheng, Jianlin
影响因子：
14.9
作者：
Henrick K;Feng Z;Bluhm WF;Dimitropoulos D;Doreleijers JF;Dutta S;Flippen-Anderson JL;Ionides J;Kamada C;Krissinel E;Lawson CL;Markley JL;Nakamura H;Newman R;Shimizu Y;Swaminathan J;Velankar S;Ory J;Ulrich EL;Vranken W;Westbrook J;Yamashita R;Yang H;Young J;Yousufuddin M;Berman HM
通讯作者：
Berman HM