The cooperativity of burst phase reactions explored.
The cooperativity of burst phase reactions explored.
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探索了突发相反应的协同性。
DOI：
10.1006/jmbi.1999.3204
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发表时间：
1999
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Marqusee,S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Parker,MJ;Marqusee,S
来自大肠杆菌的核糖核酸酶HI（RNase H）和噬菌体T4溶菌酶（T4 L）的折叠的主要的、可观察的松弛速率（kobs）的变性剂依赖性揭示，对于这两种蛋白质，折叠开始于“爆发阶段”中中间物质的快速和瞬时积累，该阶段先于天然状态的限速形成;这通过速率曲线（Kobsvs变性剂，或Chevron图）的折叠翼中的“翻转”来证明。这些速率曲线最简单地描述了一个三态机制（展开到中间到原生），这意味着爆发阶段代表了两个不同的热力学状态之间的过渡。它在这里示出，这些突发相反应的平衡性质可以同样很好地建模的机制，涉及一个连续的状态，其中每个状态的自由能是线性相关的m值（参数描述的自由能和变性剂之间的线性关系）。还开发了一个数值模型来描述这样一个系统的时间演化，表现出近乎完美的指数行为。这两个模型都强调了在线性自由能关系下运行的连续状态如何表现得像两态系统。这样的计划发现实验的理由，从最近的自然状态氢交换数据的解释。连续描述的分析模型可以解释所观察到的其他几个模型蛋白质的动力学曲线。然而，结果似乎是特定的，这表明爆发相反应并不完全是随机和非特异性的。在这项研究中报告的结果有重要的意义的概念，协同蛋白质折叠反应。
The denaturant-dependence of the major, observable relaxation rates for folding (kobs) of ribonuclease HI from Escherichia coli (RNase H) and phage T4 lysozyme (T4L) reveal that, for both proteins, folding begins with the rapid and transient accumulation of intermediate species in a “burst phase” which precedes the rate-limiting formation of the native state; this is evidenced by a “rollover” in the folding limb of the rate profiles (kobsversus denaturant, or chevron plot). These rate profiles are most simply described by a three-state mechanism (unfolded-to-intermediate-to-native), which implies that the burst phase represents a transition between two distinct thermodynamic states. It is shown here that the equilibrium properties of these burst phase reactions can be equally well modeled by a mechanism involving a continuum of states where the free energy of each state is linearly related to its m-value (the parameter describing the linear relationship between free energy and denaturant). A numerical model is also developed to describe the time evolution of such a system, which exhibits nearly perfect exponential behavior. Both models emphasize how a continuum of states operating under a linear free energy relationship may behave like a two state system. Such a scheme finds experimental justification from an interpretation of recent native state hydrogen exchange data. The analytical model described for a continuum can account for the observed kinetic profiles of several other model proteins. The results, however, appear context specific, suggesting that burst phase reactions are not entirely random and non-specific. The results reported in this study have important implications for the concept of cooperativity in protein folding reactions.
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蛋白质折叠的障碍
DOI：
--
发表时间：
1994
期刊：
Nature Structural Biology
影响因子：
--
作者：
T. Sosnick;L. Mayne;R. Hiller;S. Englander
通讯作者：
S. Englander
免疫球蛋白结构域的拓扑、序列进化和折叠动力学
DOI：
10.1038/nsb0398-194
发表时间：
1998
期刊：
Nature Structural Biology
影响因子：
--
作者：
M. J. Parker;C. Dempsey;L. Hosszu;J. Waltho;A. Clarke
通讯作者：
A. Clarke
影响因子：
56.9
作者：
MAYO, SL;BALDWIN, RL
通讯作者：
BALDWIN, RL
DOI：
10.1038/nsb0996-782
发表时间：
1996-09-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Chamberlain, AK;Handel, TM;Marqusee, S
通讯作者：
Marqusee, S
G 蛋白 B1 结构域折叠反应的早期中间体含有类似天然的核心。
DOI：
10.1021/bi971914
发表时间：
1997
期刊：
Biochemistry.
影响因子：
--
作者：
Park,SH;O'Neil,KT;Roder,H
通讯作者：
Roder,H