Metingear: a development environment for annotating genome-scale metabolic models.
Metingear: a development environment for annotating genome-scale metabolic models.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt342
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发表时间：
2013-09-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Steinbeck C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
May JW;James AG;Steinbeck C
摘要：基因组规模的代谢模型往往缺乏注释，使其能够用于进一步的分析。以前的努力集中在将模型中的代谢物与交叉引用相关联，但如果参考文献不可免费获得，使用多种资源或从文献综述中添加代谢物，则可能会出现问题。将每种代谢物与化学结构相关联提供了组分的明确识别和代谢的更详细视图。我们开发了一个开源桌面应用程序，简化了向基因组规模的代谢模型添加数据库交叉引用和化学结构的过程。注释的模型可以导出为系统生物学标记语言开放交换格式。可用性：源代码、二进制文件、文档和教程可以在http://johnmay.github.com/metingear上免费获得。该应用程序是用Java实现的，可用于MS Windows和Macintosh OS X。联系方式：johnmay@ebi.ac.uk补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Summary: Genome-scale metabolic models often lack annotations that would allow them to be used for further analysis. Previous efforts have focused on associating metabolites in the model with a cross reference, but this can be problematic if the reference is not freely available, multiple resources are used or the metabolite is added from a literature review. Associating each metabolite with chemical structure provides unambiguous identification of the components and a more detailed view of the metabolism. We have developed an open-source desktop application that simplifies the process of adding database cross references and chemical structures to genome-scale metabolic models. Annotated models can be exported to the Systems Biology Markup Language open interchange format. Availability: Source code, binaries, documentation and tutorials are freely available at http://johnmay.github.com/metingear. The application is implemented in Java with bundles available for MS Windows and Macintosh OS X. Contact: johnmay@ebi.ac.uk Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Goto S;Sato Y;Furumichi M;Tanabe M
通讯作者：
Tanabe M
DOI：
10.1021/ci025584y
发表时间：
2003-03
期刊：
Journal of chemical information and computer sciences
影响因子：
--
作者：
Steinbeck C;Han Y;Kuhn S;Horlacher O;Luttmann E;Willighagen E
通讯作者：
Willighagen E
影响因子：
14.9
作者：
Hastings J;de Matos P;Dekker A;Ennis M;Harsha B;Kale N;Muthukrishnan V;Owen G;Turner S;Williams M;Steinbeck C
通讯作者：
Steinbeck C
影响因子：
14.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.4
作者：
Jankowski, Matthew D.;Henry, Christopher S.;Hatzimanikatis, Vassily
通讯作者：
Hatzimanikatis, Vassily