JAGuaR: junction alignments to genome for RNA-seq reads.
JAGuaR: junction alignments to genome for RNA-seq reads.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0102398
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Birol İ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Butterfield YS;Kreitzman M;Thiessen N;Corbett RD;Li Y;Pang J;Ma YP;Jones SJ;Birol İ
JAGaR是一种用于RNA-seq读取的比对协议，其使用扩展参考来增加比对灵敏度。它使用BWA将读段与基因组和参考转录模型（包括注释的外显子-外显子连接）进行比对，特别是允许单个读段跨越多个外显子的可能性。然后将与转录物模型比对的读数重新映射到基因组坐标上，将跨越多个外显子的比对转化为基因组上的大空位比对。虽然JAGaR不能检测新的连接点，但我们展示了JAGaR如何生成快速准确的转录组比对，这允许敏感和特异的SNV调用。
JAGuaR is an alignment protocol for RNA-seq reads that uses an extended reference to increase alignment sensitivity. It uses BWA to align reads to the genome and reference transcript models (including annotated exon-exon junctions) specifically allowing for the possibility of a single read spanning multiple exons. Reads aligned to the transcript models are then re-mapped on to genomic coordinates, transforming alignments that span multiple exons into large-gapped alignments on the genome. While JAGuaR does not detect novel junctions, we demonstrate how JAGuaR generates fast and accurate transcriptome alignments, which allows for both sensitive and specific SNV calling.
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