TopHat-Fusion: an algorithm for discovery of novel fusion transcripts.
TopHat-Fusion: an algorithm for discovery of novel fusion transcripts.
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DOI：
10.1186/gb-2011-12-8-r72
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发表时间：
2011-08-11
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Salzberg SL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim D;Salzberg SL
TopHat-Fusion 是一种算法，旨在发现代表融合基因产物的转录本，融合基因产物是由两条不同染色体的断裂和重新连接或染色体内的重排产生的。 TopHat-Fusion 是 TopHat 的增强版本，TopHat 是一个高效的程序，可以在不依赖现有注释的情况下对齐 RNA-seq 读数。由于它独立于基因注释，TopHat-Fusion 可以发现源自已知基因、未知基因和已知基因的未注释剪接变体的融合产物。使用来自乳腺癌和前列腺癌细胞系的 RNA-seq 数据，我们检测到了先前报道的融合和新颖的融合，并提供了坚实的支持证据。 TopHat-Fusion 可从 http://tophat-fusion.sourceforge.net/ 获取。
TopHat-Fusion is an algorithm designed to discover transcripts representing fusion gene products, which result from the breakage and re-joining of two different chromosomes, or from rearrangements within a chromosome. TopHat-Fusion is an enhanced version of TopHat, an efficient program that aligns RNA-seq reads without relying on existing annotation. Because it is independent of gene annotation, TopHat-Fusion can discover fusion products deriving from known genes, unknown genes and unannotated splice variants of known genes. Using RNA-seq data from breast and prostate cancer cell lines, we detected both previously reported and novel fusions with solid supporting evidence. TopHat-Fusion is available at http://tophat-fusion.sourceforge.net/.
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影响因子：
46.9
作者：
Trapnell C;Williams BA;Pertea G;Mortazavi A;Kwan G;van Baren MJ;Salzberg SL;Wold BJ;Pachter L
通讯作者：
Pachter L
DOI：
10.3410/b2-64
发表时间：
2010-08-19
期刊：
F1000 biology reports
影响因子：
--
作者：
Salzberg, Steven L
通讯作者：
Salzberg, Steven L
影响因子：
64.8
作者：
ROWLEY, JD
通讯作者：
ROWLEY, JD
影响因子：
12.3
作者：
Langmead B;Trapnell C;Pop M;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL
影响因子：
48
作者：
Mortazavi, Ali;Williams, Brian A.;Wold, Barbara
通讯作者：
Wold, Barbara