Testing gene-gene interactions in genome wide association studies.
Testing gene-gene interactions in genome wide association studies.
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DOI：
10.1002/gepi.21786
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发表时间：
2014-02
影响因子：
2.1
通讯作者：
Wang, Pei
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu, Jie Kate;Wang, Xianlong;Wang, Pei
在过去的十年中，基因-基因相互作用的检测在全基因组关联研究中变得越来越流行。除了传统的Logistic回归分析用于检测两个标记之间的相互作用外，近年来还发展了新的方法，如比较病例组和对照组的连锁不平衡(LD)。所有这些方法构成了GWAS中大多数疾病易感基因筛查策略的基础。在这篇文章中，我们感兴趣的是比较竞争的方法，并提供实用的指导方针，为选择合适的测试方法进行相互作用。我们首先回顾了一系列现有的统计方法来检测交互作用，然后检查了交互作用的不同定义，以深入了解现有测试方法之间的理论关系。最后，我们进行了广泛的模拟来比较各种方法的能力，以检测两个非连锁基因座上两个标记之间的相互作用，或者考虑相互作用和主效应的整体关联。这项调查揭示了各种方法的信息量特征，对GWAS的研究人员有帮助。
Detection of gene-gene interaction has become increasingly popular over the past decade in genome wide association studies (GWAS). Besides traditional logistic regression analysis for detecting interactions between two markers, new methods have been developed in recent years such as comparing linkage disequilibrium (LD) in case and control groups. All these methods form the building blocks of most screening strategies for disease susceptibility loci in GWAS. In this paper, we are interested in comparing the competing methods and providing practical guidelines for selecting appropriate testing methods for interaction in GWAS. We first review a series of existing statistical methods to detect interactions, and then examine different definitions of interactions to gain insight into the theoretical relationship between the existing testing methods. Lastly, we perform extensive simulations to compare powers of various methods to detect either interaction between two markers at two unlinked loci or the overall association allowing for both interaction and main effects. This investigation reveals informative characteristics of various methods that are helpful to GWAS investigators.
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DOI：
10.1038/nrg2579
发表时间：
2009-06
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Cordell HJ
通讯作者：
Cordell HJ
DOI：
10.1056/nejmra0808700
发表时间：
2009-04-23
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Hardy J;Singleton A
通讯作者：
Singleton A
影响因子：
56.9
作者：
KAJIWARA, K;BERSON, EL;DRYJA, TP
通讯作者：
DRYJA, TP
DOI：
10.1038/ejhg.2010.196
发表时间：
2011-04-01
期刊：
European journal of human genetics : EJHG
影响因子：
--
作者：
Kam-Thong, Tony;Czamara, Darina;Muller-Myhsok, Bertram
通讯作者：
Muller-Myhsok, Bertram
影响因子：
3
作者：
Liu D;Ghosh D;Lin X
通讯作者：
Lin X