Chromosome-Level Genome Assembly of Callitettix versicolor (Rice Spittlebug).
Chromosome-Level Genome Assembly of Callitettix versicolor (Rice Spittlebug).
复制标题
杂色金龟子的染色体水平基因组组装
DOI：
10.1093/gbe/evac130
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发表时间：
2022-09-06
影响因子：
3.3
通讯作者：
Liang, Aiping
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen, Hong;Qiao, Gexia;Liang, Aiping
沫蝉科Cercopidae（半翅目：长喙叶蝉科：蝉目：Cercopoidea）分布于世界各地。一些Cercopidae物种是造成重大经济损失的农业害虫。然而，spittlebugs的基因组学很少被研究，其完整的基因组组装尚未被报道。在这里，我们提出了在染色体水平上的参考基因组草案的Callitettix versicolor Fabricius（半翅目：Cercopidae）。组装的基因组草图为974.99 Mb，重叠群N50为5.63 Mb，最长重叠群为24.54 Mb。 利用Hi-C技术在10条假染色体上获得了约958.71 Mb的染色体水平的基因组，其覆盖了98.33%的装配体。 重复序列占基因组序列的38.88%。在参考基因组中共检测到21，937个蛋白质编码基因，其中89.97%在公共数据库中进行了注释。高质量的参考基因组。本研究为spittlebugs的生态学和进化研究提供了宝贵的基因组资源。
The spittlebug family Cercopidae (Hemiptera: Auchenorrhyncha: Cicadomorpha: Cercopoidea) is distributed worldwide. Some Cercopidae species are agricultural pests that are responsible for substantial economic damage. However, the genomics of spittlebugs has rarely been studied and their complete genome assembly is yet to be reported. Here, we present the draft reference genome of Callitettix versicolor Fabricius (Hemiptera: Cercopidae) at the chromosome level. The assembled draft genome was 974.99 Mb with a contig N50 of 5.63 Mb, and the longest contig being 24.54 Mb. Hi-C technology was used to obtain an approximately 958.71 Mb chromosome-level genome on 10 pseudochromosomes, which covered 98.33% of the assembly. Repeat sequences accounted for 38.88% of the genomic sequences. A total of 21,937 protein-coding genes were detected in the reference genome, 89.97% of which were annotated in public databases. The high-quality reference genome of C. versicolor reported in this study will provide a valuable genomic resource for future ecological and evolutionary studies of spittlebugs.
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