Atomic-accuracy models from 4.5-Å cryo-electron microscopy data with density-guided iterative local refinement.
Atomic-accuracy models from 4.5-Å cryo-electron microscopy data with density-guided iterative local refinement.
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DOI：
10.1038/nmeth.3286
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发表时间：
2015-04
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Baker, David
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
DiMaio, Frank;Song, Yifan;Li, Xueming;Brunner, Matthias J.;Xu, Chunfu;Conticello, Vincent;Egelman, Edward;Marlovits, Thomas C.;Cheng, Yifan;Baker, David
直接电子探测器使利用冷冻电子显微镜单粒子重建产生接近原子分辨率的电子密度图成为可能。当前的关键问题包括如何最好地将模型构建到这些地图中，需要多高质量的地图才能生成准确的模型，以及如何以独立于系统的方式交叉验证模型。我们描述了一种将蒙特卡罗优化与局域密度引导运动、Rosetta全原子精化和真实空间B因子拟合相结合的建模方法，从三个分辨率为4.5？或更高的不同系统的实验图中产生准确的模型。我们将模型精度表征为数据质量的函数，并在三个测试系统上提供了与模型精度相关的模型验证统计量。
Direct electron detectors have made it possible to generate electron density maps at near atomic resolution using cryo-electron microscopy single particle reconstructions. Critical current questions include how best to build models into these maps, how high quality a map is required to generate an accurate model, and how to cross-validate models in a system independent way. We describe a modeling approach that integrates Monte Carlo optimization with local density guided moves, Rosetta all-atom refinement, and real space B-factor fitting, yielding accurate models from experimental maps for three different systems with resolutions 4.5 Å or higher. We characterize model accuracy as a function of data quality, and present a model validation statistic that correlates with model accuracy over the three test systems.
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电子计数和束诱导运动校正可实现近原子分辨率的单粒子冷冻电镜。
影响因子：
48
作者：
Li, Xueming;Mooney, Paul;Zheng, Shawn;Booth, Christopher R.;Braunfeld, Michael B.;Gubbens, Sander;Agard, David A.;Cheng, Yifan
通讯作者：
Cheng, Yifan
影响因子：
56.9
作者：
Schraidt, Oliver;Marlovits, Thomas C.
通讯作者：
Marlovits, Thomas C.
影响因子：
14.9
作者：
Tjioe, Elina;Lasker, Keren;Sali, Andrej
通讯作者：
Sali, Andrej
影响因子：
14.9
作者：
Davis IW;Leaver-Fay A;Chen VB;Block JN;Kapral GJ;Wang X;Murray LW;Arendall WB 3rd;Snoeyink J;Richardson JS;Richardson DC
通讯作者：
Richardson DC
影响因子：
4.8
作者：
Trabuco, Leonardo G.;Villa, Elizabeth;Schreiner, Eduard;Harrison, Christopher B.;Schulten, Klaus
通讯作者：
Schulten, Klaus