PhenomicDB: a new cross-species genotype/phenotype resource.
PhenomicDB: a new cross-species genotype/phenotype resource.
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DOI：
10.1093/nar/gkl662
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发表时间：
2007-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Weiss B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Groth P;Pavlova N;Kalev I;Tonov S;Georgiev G;Pohlenz HD;Weiss B
表型是生物医学研究的一个重要课题，许多知识库已经创建。这些数据库中的大多数要么专门用于一个物种，要么专门用于一种感兴趣的疾病。随着以高通量方式生成表型的技术的出现，不仅表型数据的数量快速增长，而且需要以更有用的方式组织这些数据。我们已经创建了PhenomicDB（免费获取），这是一个多物种基因型/表型数据库，它显示了与相应基因相关的表型，并根据各种物种的基因同源性进行分组。最近，我们通过增加定量和描述性RNA干扰（RNAi）筛选数据，启用表型本体术语的使用以及提供有关检测和细胞系的信息，增强了PhenomicDB。我们设想，经典表型与高通量数据的整合将为我们的理解带来新的动力和见解。正在开发的现代分析工具可能有助于利用这些丰富的信息，将其转化为知识，并最终转化为新的治疗方法。
Phenotypes are an important subject of biomedical research for which many repositories have already been created. Most of these databases are either dedicated to a single species or to a single disease of interest. With the advent of technologies to generate phenotypes in a high-throughput manner, not only is the volume of phenotype data growing fast but also the need to organize these data in more useful ways. We have created PhenomicDB (freely available at ), a multi-species genotype/phenotype database, which shows phenotypes associated with their corresponding genes and grouped by gene orthologies across a variety of species. We have enhanced PhenomicDB recently by additionally incorporating quantitative and descriptive RNA interference (RNAi) screening data, by enabling the usage of phenotype ontology terms and by providing information on assays and cell lines. We envision that integration of classical phenotypes with high-throughput data will bring new momentum and insights to our understanding. Modern analysis tools under development may help exploiting this wealth of information to transform it into knowledge and, eventually, into novel therapeutic approaches.
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Shi, Y