Mapping the inner workings of the microbiome: genomic- and metagenomic-based study of metabolism and metabolic interactions in the human microbiome.
Mapping the inner workings of the microbiome: genomic- and metagenomic-based study of metabolism and metabolic interactions in the human microbiome.
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DOI：
10.1016/j.cmet.2014.07.021
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发表时间：
2014-11-04
期刊：
影响因子：
29
通讯作者：
Borenstein E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Manor O;Levy R;Borenstein E
人类肠道微生物组是人类新陈代谢和健康的主要贡献者，但各种微生物组成员进行的代谢过程、这些成员彼此之间以及与宿主相互作用的方式，以及这种相互作用对微生物组整体代谢机制的影响尚未被绘制出来。在这里，我们讨论最近为研究这个复杂生态系统的代谢内部运作所做的努力。我们将特别强调两个相互关联的工作方向，第一个目标是对微生物组进行反卷积并表征各种微生物组物种的代谢能力，第二个目标是利用计算模型来推断和研究这些物种之间的代谢相互作用。
The human gut microbiome is a major contributor to human metabolism and health, yet the metabolic processes that are carried out by various community members, the way these members interact with each other and with the host, and the impact of such interactions on the overall metabolic machinery of the microbiome have not yet been mapped. Here, we discuss recent efforts to study the metabolic inner workings of this complex ecosystem. We will specifically highlight two interrelated lines of work, the first aiming to deconvolve the microbiome and to characterize the metabolic capacity of various microbiome species, and the second aiming to utilize computational modeling to infer and study metabolic interactions between these species.
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