Identifying gut microbe-host phenotype relationships using combinatorial communities in gnotobiotic mice.
Identifying gut microbe-host phenotype relationships using combinatorial communities in gnotobiotic mice.
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DOI：
10.1126/scitranslmed.3008051
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发表时间：
2014-01-22
影响因子：
17.1
通讯作者：
Gordon JI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Faith JJ;Ahern PP;Ridaura VK;Cheng J;Gordon JI
找出一种可扩展的、无偏见的方法来发现人类肠道微生物区系的哪些成员影响特定的生理、代谢和免疫表型仍然是一个挑战。在这里，我们描述了一种方法，其中培养的、测序的细菌的克隆阵列集合是从几个人类粪便微生物群样本中的一个产生的，这些样本被发现将特定的表型传播给无菌的受体小鼠。从培养物集合中随机抽取了94个大小不一的细菌联合体，将它们引入无菌动物。我们鉴定了一系列出乎意料的细菌菌株，它们促进了结肠调节性T细胞(Treg)的积累和Nrp1lo/−外周Treg的扩张，以及使用特征选择算法和后续单一定植来调节小鼠脂肪和盲肠代谢物浓度的菌株。这种组合方法使人们能够在系统水平上理解微生物对人类生物学的一些贡献。
Identifying a scalable, unbiased method for discovering which members of the human gut microbiota influence specific physiologic, metabolic and immunologic phenotypes remains a challenge. Here we describe a method in which a clonally-arrayed collection of cultured, sequenced bacteria was generated from one of several human fecal microbiota samples found to transmit a particular phenotype to recipient germ-free mice. Ninety-four bacterial consortia, of diverse size, randomly drawn from the culture collection, were introduced into germ-free animals. We identified an unanticipated range of bacterial strains that promoted accumulation of colonic regulatory T cells (Tregs) and expansion of Nrp1lo/− peripheral Tregs, as well as strains that modulated mouse adiposity and cecal metabolite concentrations using feature selection algorithms and follow-up mono-colonization. This combinatorial approach enabled a systems-level understanding of some of the microbial contributions to human biology.
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聚糖代谢如何塑造人类肠道微生物群。
DOI：
10.1038/nrmicro2746
发表时间：
2012-04-11
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1126/science.1198469
发表时间：
2011-01-21
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Atarashi K;Tanoue T;Shima T;Imaoka A;Kuwahara T;Momose Y;Cheng G;Yamasaki S;Saito T;Ohba Y;Taniguchi T;Takeda K;Hori S;Ivanov II;Umesaki Y;Itoh K;Honda K
通讯作者：
Honda K
影响因子：
64.5
作者：
Chung H;Pamp SJ;Hill JA;Surana NK;Edelman SM;Troy EB;Reading NC;Villablanca EJ;Wang S;Mora JR;Umesaki Y;Mathis D;Benoist C;Relman DA;Kasper DL
通讯作者：
Kasper DL
影响因子：
64.5
作者：
Mazmanian, SK;Liu, CH;Kasper, DL
通讯作者：
Kasper, DL
发育阶段、表型和迁移可区分幼稚型和效应/记忆型 CD4+ 调节性 T 细胞。
DOI：
10.1084/jem.20031562
发表时间：
2004-02-02
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Huehn J;Siegmund K;Lehmann JC;Siewert C;Haubold U;Feuerer M;Debes GF;Lauber J;Frey O;Przybylski GK;Niesner U;de la Rosa M;Schmidt CA;Bräuer R;Buer J;Scheffold A;Hamann A
通讯作者：
Hamann A