APPRIS: annotation of principal and alternative splice isoforms.
APPRIS: annotation of principal and alternative splice isoforms.
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DOI：
10.1093/nar/gks1058
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Tress ML
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rodriguez JM;Maietta P;Ezkurdia I;Pietrelli A;Wesselink JJ;Lopez G;Valencia A;Tress ML
在这里，我们介绍了Appris(http://appris.bioinfo.cnio.es)，)，这是一个存储人类剪接异构体注释的数据库。APRIS的设计目的是通过增加可靠的蛋白质结构和功能数据以及来自跨物种保护的信息，为人类基因组的手动注释提供价值。Appris为每个基因提供的注释的可视化表示使注释者和研究人员都能够容易地识别剪接事件带来的功能变化。除了收集、整合和分析剪接事件影响的可靠预测外，APPRIS还根据每个转录本的结构、功能和保守性的注释，为每个基因选择一个参考序列，这里称为主要异构体。Appris鉴定了EnSemb1的GENCODE 7版本中85%的蛋白质编码基因的主要异构体。对APRIS数据的分析表明，至少70%的替代(非主要)变体将丢失相对于主要异构体的重要功能或结构信息。
Here, we present APPRIS (http://appris.bioinfo.cnio.es), a database that houses annotations of human splice isoforms. APPRIS has been designed to provide value to manual annotations of the human genome by adding reliable protein structural and functional data and information from cross-species conservation. The visual representation of the annotations provided by APPRIS for each gene allows annotators and researchers alike to easily identify functional changes brought about by splicing events. In addition to collecting, integrating and analyzing reliable predictions of the effect of splicing events, APPRIS also selects a single reference sequence for each gene, here termed the principal isoform, based on the annotations of structure, function and conservation for each transcript. APPRIS identifies a principal isoform for 85% of the protein-coding genes in the GENCODE 7 release for ENSEMBL. Analysis of the APPRIS data shows that at least 70% of the alternative (non-principal) variants would lose important functional or structural information relative to the principal isoform.
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DOI：
10.1093/database/bas014
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Frankish A;Mudge JM;Thomas M;Harrow J
通讯作者：
Harrow J
影响因子：
14.9
作者：
Castelo, R;Reymond, A;Wyss, C;Câmara, F;Parra, G;Antonarakis, SE;Guigó, R;Eyras, E
通讯作者：
Eyras, E
影响因子：
14.9
作者：
Dreszer TR;Karolchik D;Zweig AS;Hinrichs AS;Raney BJ;Kuhn RM;Meyer LR;Wong M;Sloan CA;Rosenbloom KR;Roe G;Rhead B;Pohl A;Malladi VS;Li CH;Learned K;Kirkup V;Hsu F;Harte RA;Guruvadoo L;Goldman M;Giardine BM;Fujita PA;Diekhans M;Cline MS;Clawson H;Barber GP;Haussler D;James Kent W
通讯作者：
James Kent W
影响因子：
3
作者：
Lassmann T;Sonnhammer EL
通讯作者：
Sonnhammer EL
影响因子：
4.5
作者：
Alekseyenko, Alexander V.;Kim, Namshin;Lee, Christopher J.
通讯作者：
Lee, Christopher J.