Intron retention-dependent gene regulation in Cryptococcus neoformans.
Intron retention-dependent gene regulation in Cryptococcus neoformans.
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DOI：
10.1038/srep32252
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发表时间：
2016-08-31
影响因子：
4.6
通讯作者：
Janbon G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gonzalez-Hilarion S;Paulet D;Lee KT;Hon CC;Lechat P;Mogensen E;Moyrand F;Proux C;Barboux R;Bussotti G;Hwang J;Coppée JY;Bahn YS;Janbon G
选择性剪接对真菌的生物学影响知之甚少，尽管最近的研究表明这些微生物通常内含子丰富。在这项研究中，我们重新注释了新生隐孢子虫的基因组。使用RNA-Seq数据的新形体。与新生隐球菌变种的比较。Grubii发现，在这两个品种中，99%以上的ORF-内含子处于相同的位置，而UTR-内含子的进化保守性要低得多。我们还证实了选择性剪接在新生葡萄球菌中非常常见，几乎影响到所有表达的基因。我们还观察到了这种酵母中环境线索对选择性剪接的特定调节。然而，选择性剪接似乎不是使新生葡萄球菌蛋白质组多样化的有效方法。相反，我们的数据表明，存在一种不依赖于NMD的基因表达调控的内含子保留依赖机制。这一调控过程代表了真菌基因表达调控的额外一层，并提供了一种机制来调节基因表达水平，以响应任何环境修改。
The biological impact of alternative splicing is poorly understood in fungi, although recent studies have shown that these microorganisms are usually intron-rich. In this study, we re-annotated the genome of C. neoformans var. neoformans using RNA-Seq data. Comparison with C. neoformans var. grubii revealed that more than 99% of ORF-introns are in the same exact position in the two varieties whereas UTR-introns are much less evolutionary conserved. We also confirmed that alternative splicing is very common in C. neoformans, affecting nearly all expressed genes. We also observed specific regulation of alternative splicing by environmental cues in this yeast. However, alternative splicing does not appear to be an efficient method to diversify the C. neoformans proteome. Instead, our data suggest the existence of an intron retention-dependent mechanism of gene expression regulation that is not dependent on NMD. This regulatory process represents an additional layer of gene expression regulation in fungi and provides a mechanism to tune gene expression levels in response to any environmental modification.
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影响因子：
14.9
作者：
Hossain MA;Rodriguez CM;Johnson TL
通讯作者：
Johnson TL
影响因子：
4.5
作者：
Goebels C;Thonn A;Gonzalez-Hilarion S;Rolland O;Moyrand F;Beilharz TH;Janbon G
通讯作者：
Janbon G
DOI：
10.1007/s11427-009-0037-0
发表时间：
2009-03-01
期刊：
SCIENCE IN CHINA SERIES C-LIFE SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Hui JingYi
通讯作者：
Hui JingYi
影响因子：
16
作者：
He, F;Li, XR;Jacobson, A
通讯作者：
Jacobson, A
影响因子：
11.4
作者：
Dziembowski, A;Ventura, AP;Séraphin, B
通讯作者：
Séraphin, B