Primerize: automated primer assembly for transcribing non-coding RNA domains.
Primerize: automated primer assembly for transcribing non-coding RNA domains.
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DOI：
10.1093/nar/gkv538
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Das R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tian S;Yesselman JD;Cordero P;Das R
生物和生物技术研究需要定制 RNA 合成。虽然对于长度超过数十个核苷酸的序列来说，RNA 的化学合成和凝胶或色谱纯化成本高昂且困难，但 DNA 模板引物组装、T7 RNA 聚合酶体外转录和基于试剂盒的纯化的管道为制备 RNA 分子提供了一种经济有效且快速的替代方案。然而，设计模板引物以优化成本并避免聚合酶链式反应过程中的错误引物目前需要专家检查、下载专用软件或两者兼而有之。当前无法使用或维护该任务的在线服务器。我们在这里报告了一个名为 Primerize 的服务器，它提供了一种有效的引物设计算法，该算法在我们的实验室中针对长度高达 300 个核苷酸的 RNA 结构域进行了开发和实验测试。免费访问：http://primerize.stanford.edu。
Customized RNA synthesis is in demand for biological and biotechnological research. While chemical synthesis and gel or chromatographic purification of RNA is costly and difficult for sequences longer than tens of nucleotides, a pipeline of primer assembly of DNA templates, in vitro transcription by T7 RNA polymerase and kit-based purification provides a cost-effective and fast alternative for preparing RNA molecules. Nevertheless, designing template primers that optimize cost and avoid mispriming during polymerase chain reaction currently requires expert inspection, downloading specialized software or both. Online servers are currently not available or maintained for the task. We report here a server named Primerize that makes available an efficient algorithm for primer design developed and experimentally tested in our laboratory for RNA domains with lengths up to 300 nucleotides. Free access: http://primerize.stanford.edu.
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影响因子：
21.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.1313039111
发表时间：
2014-02-11
影响因子：
11.1
作者：
Lee, Jeehyung;Kladwang, Wipapat;Das, Rhiju
通讯作者：
Das, Rhiju
影响因子：
15
作者：
Kladwang, Wipapat;Chou, Fang-Chieh;Das, Rhiju
通讯作者：
Das, Rhiju
影响因子：
2.9
作者：
Kladwang W;Mann TH;Becka A;Tian S;Kim H;Yoon S;Das R
通讯作者：
Das R
DOI：
10.1261/rna.049502.114
发表时间：
2015-06
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Miao Z;Adamiak RW;Blanchet MF;Boniecki M;Bujnicki JM;Chen SJ;Cheng C;Chojnowski G;Chou FC;Cordero P;Cruz JA;Ferré-D'Amaré AR;Das R;Ding F;Dokholyan NV;Dunin-Horkawicz S;Kladwang W;Krokhotin A;Lach G;Magnus M;Major F;Mann TH;Masquida B;Matelska D;Meyer M;Peselis A;Popenda M;Purzycka KJ;Serganov A;Stasiewicz J;Szachniuk M;Tandon A;Tian S;Wang J;Xiao Y;Xu X;Zhang J;Zhao P;Zok T;Westhof E
通讯作者：
Westhof E