The primary transcriptome of the marine diazotroph Trichodesmium erythraeum IMS101.
The primary transcriptome of the marine diazotroph Trichodesmium erythraeum IMS101.
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DOI：
10.1038/srep06187
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发表时间：
2014-08-26
影响因子：
4.6
通讯作者：
Hess WR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pfreundt U;Kopf M;Belkin N;Berman-Frank I;Hess WR
固氮海洋蓝藻Trichodesum的大量繁殖极大地促进了新的氮输入热带海洋。有趣的是，只有60%的红曲霉IMS101基因组序列编码蛋白质，而在其他测序的蓝藻基因组中，这一比例约为85%。广泛的非编码基因组片段为数量异常多的未识别的、潜在调节的非蛋白质编码RNA(NcRNAs)提供了空间。为了识别基因组的转录片段，这里我们提供了单核苷酸分辨率的全基因组转录起始点(TSS)图，揭示了6,080个启动子的活性。我们证明，在迄今所研究的任何细菌中，红曲霉具有最高数量的活跃剪接第二组内含子，以及最高比例的TSS产生ncRNA。我们确定了一个高度转录的逆转录元件，作为模板重复，通过突变定位至少12个不同的基因的靶向突变。我们的发现解释了红毛虫基因组的非编码部分，除了已知的高发生率的转座元件外，还通过转录异常大量的非编码转录本来解释。我们得出结论，核转录调节和依赖于RNA成熟的过程构成了木霉调控装置的主要部分。
Blooms of the dinitrogen-fixing marine cyanobacterium Trichodesmium considerably contribute to new nitrogen inputs into tropical oceans. Intriguingly, only 60% of the Trichodesmium erythraeum IMS101 genome sequence codes for protein, compared with ~85% in other sequenced cyanobacterial genomes. The extensive non-coding genome fraction suggests space for an unusually high number of unidentified, potentially regulatory non-protein-coding RNAs (ncRNAs). To identify the transcribed fraction of the genome, here we present a genome-wide map of transcriptional start sites (TSS) at single nucleotide resolution, revealing the activity of 6,080 promoters. We demonstrate that T. erythraeum has the highest number of actively splicing group II introns and the highest percentage of TSS yielding ncRNAs of any bacterium examined to date. We identified a highly transcribed retroelement that serves as template repeat for the targeted mutation of at least 12 different genes by mutagenic homing. Our findings explain the non-coding portion of the T. erythraeum genome by the transcription of an unusually high number of non-coding transcripts in addition to the known high incidence of transposable elements. We conclude that riboregulation and RNA maturation-dependent processes constitute a major part of the Trichodesmium regulatory apparatus.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
14.9
作者：
Dai, LX;Toor, N;Zimmerly, S
通讯作者：
Zimmerly, S
影响因子：
4.5
作者：
Berman-Frank, I;Bidle, KD;Falkowski, PG
通讯作者：
Falkowski, PG
影响因子：
11
作者：
Bar-Zeev, Edo;Avishay, Itamar;Berman-Frank, Ilana
通讯作者：
Berman-Frank, Ilana
DOI：
10.1099/00221287-144-12-3359
发表时间：
1998-12-01
期刊：
MICROBIOLOGY-UK
影响因子：
--
作者：
Dominic, B;Chen, YB;Zehr, JP
通讯作者：
Zehr, JP