Towards Functional Annotation of the Preimplantation Transcriptome: An RNAi Screen in Mammalian Embryos.
Towards Functional Annotation of the Preimplantation Transcriptome: An RNAi Screen in Mammalian Embryos.
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DOI：
10.1038/srep37396
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发表时间：
2016-11-21
影响因子：
4.6
通讯作者：
Mager J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cui W;Dai X;Marcho C;Han Z;Zhang K;Tremblay KD;Mager J
有了现成的转录组范围的数据，了解每个表达基因的作用是下一步至关重要的。尽管 RNAi 技术允许在细胞培养物中进行全基因组筛选，但这些方法不能取代胚胎中的发现策略。在这里，我们首次展示了小鼠植入前胚胎的敲除筛选。早期哺乳动物的发育包括动态的细胞、分子和表观遗传事件，这些事件在小鼠和人类之间基本上是保守的。我们分析了 712 个基因在植入前的需求。我们鉴定了成功发育或生长和植入所需的 59 个基因。我们对每种表型进行了表征，并揭示了转录本敲低后的细胞、分子和谱系特异性缺陷。诱导网络分析证明这是识别在植入前发挥重要作用的基因网络的有效方法。我们的方法提供了一种强大而有效的策略来识别小鼠植入前的新表型，并促进哺乳动物转录组的功能注释。
With readily available transcriptome-wide data, understanding the role of each expressed gene is an essential next step. Although RNAi technologies allow for genome-wide screens in cell culture, these approaches cannot replace strategies for discovery in the embryo. Here we present, for the first time, a knockdown screen in mouse preimplantation embryos. Early mammalian development encompasses dynamic cellular, molecular and epigenetic events that are largely conserved from mouse to man. We assayed 712 genes for requirements during preimplantation. We identified 59 genes required for successful development or outgrowth and implantation. We have characterized each phenotype and revealed cellular, molecular, and lineage specific defects following knockdown of transcript. Induced network analyses demonstrate this as a valid approach to identify networks of genes that play important roles during preimplantation. Our approach provides a robust and efficient strategy towards identification of novel phenotypes during mouse preimplantation and facilitates functional annotation of the mammalian transcriptome.
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